对于反叛者，刘秀予以坚决镇压。建武十六年，交阯征侧、征贰反，九真、日南、合浦蛮里皆应之。十八年，刘秀遣伏波将军马援等讨之。次年四月，“援破交阯，斩征侧、征贰等，余皆降散。进击九真贼都阳等，破降之。徙其渠帅三百余口于零陵。于是领表悉平” 。同年，蜀郡守将史歆反于成都，宕渠杨伟、朐月忍、徐容等，起兵各数千以应之。吴汉破成都诛史歆后，即领军下巴郡，“诛其渠帅二百余人，徙其党与数百家于南郡” 。十八年，夷渠帅栋蚕与姑复、楪榆等诸种反叛。次年，光武遣武威将军刘尚等发广汉、犍为、蜀郡人及朱提夷，合万三千人征战二年平之。当刘尚领军击益州夷时，路经越巂。长贵“疑尚既定南边，威法必行，己不得自放纵”，阴谋袭击刘尚。刘尚“遂掩长贵诛之，徙其家属于成都” 。二十三年，南郡潳山蛮雷迁等反叛，刘尚将万余人讨破之，“徙其种人七千余口置江夏界中” 。同年，武陵蛮精夫相单程等据其险隘反，光武先后三次遣大军历三年苦战予以征服，“为置吏司” ，终将其纳入了汉皇朝的政治系统。
综上所述，东汉初期民族问题错综复杂，危害东汉边防。北方的民族问题以匈奴为主，光武的边防（民族）政策也以匈奴为中心展开。光武鉴于武力不能解决匈奴问题的现实，开初采取了妥协退让、重点防御的策略，其后趁匈奴因天灾人祸而实力大损，扶植南匈奴以制北匈奴。对于相对弱小的乌桓、鲜卑，光武则施行军事打击与政治经济羁縻相结合的方针政策，最终使它们形成了自己的军事联盟。光武在北方边境施行“以夷制夷”，却并未因此放弃边防建设，表现出对“夷”利用与防范的二重思想以及对边防的重视。在西域问题上，“东汉由于先天不足，一开始对西域不重视，往往处于被动局面”。光武采取比较消极的方式，最终使本可以成为盟友的西域诸国倒向了敌手匈奴一边。秦汉以来，西羌所处的陇西一带和南蛮、西南夷所处的区域基本属于中原政权管辖之下，东汉一般也把这些地区的少数族问题看成是政权内部的问题。考虑到少数族的特殊性，光武对于归附的首领予以封爵与自治权，以夷治夷；对于反叛者，则予以坚决镇压，辅之以迁徙余众于汉人区域“以汉制夷”的统治方式，同时派遣皇朝官吏进入少数族地域予以整治，以求稳定地将这些民族纳入政权体系之中，从而维护了边防的稳定。钱穆先生认为：“东汉的立国姿态，可以说常是偏枯的、静的，退守的。”其实，恩威并用、御强击弱、避免四面出击以及以夷制夷，是光武对付少数族以巩固边防的基本方略。光武因时因地制宜，针对不同民族，实行了不同的民族政策，取得了不同的效果，有得有失，很难以积极或消极、激进或保守一概而论。较之于秦皇汉武的开疆拓土，光武似显得消极、保守，然维护边境稳定和国家统一则是极其坚定的。由此体现出来的边防思想即保境安民，重守不重攻，奠定了东汉一代边防的政策基础。
二、光武帝的军制改革与其边防政策
南宋陈傅良《历代兵制》曰：“兵之所在，权实归之，是以在外则外重，在内则内重……内外轻重，一系于兵。”秦和西汉，地方军一直是国家极其重要的武装力量，“其占整个军队的比例最多，规模最为庞大”，战斗力也相当强。统治者调动他们，动辄几万、几十万。这些地方军，对维护皇朝的统治起了重要作用，不过在某些情况下也可能成为皇朝的严重威胁。光武起自民间，是借助地方力量而“马上”得天下的帝王，深知军队的重要，因此在建立政权、强化中央集权的过程中，积极推行军制改革，企图从根本上实现皇权的集中。
“居重驭轻”即强化中央军，精简和削弱地方军，以中央军驾驭地方军是光武军制改革的基本思想。《后汉书·百官志》：“建武六年省诸郡都尉，并职太守，无都试之役。”七年二月，罢护漕都尉；同年三月诏：“今国有众军，并多精勇，宜且罢轻车骑士材官楼船士及军假吏，令还复民伍。”是岁，省长水、射声二校尉。九年，又省关都尉。以后因形势需要在边郡和内地关中等地也设置了一些都尉，但如应劭《汉官仪》所言，“每有剧贼，郡临时置都尉，事讫罢之”。为了边防作战的需要，西汉有“令戍卒岁更”之制。光武亦予以废除。有论者认为，刘秀罢郡国兵的主要原因，“是当时征兵制度难于照旧维持的必然结果”。这固然有道理，但根本的原因则是光武刻意削弱地方军以强化中央集权。另外还有他偃武修文、休养生息的政治经济考量。众所周知，边境地区是当时地方郡国兵相当集中的地区，光武的这些措置，自然对东汉边防产生了极其严重的影响。
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