清朝时期，直隶省的省会城市多次搬迁。1644年至1649年，直隶省省会在真定府，1649年至1662年，直隶省省会城市在大名府。大名府的治所在邯郸市大名县。1662年至1669年，直隶省的省会城市在真定府。1669年至1911年，直隶省的省会城市在保定府。
甘肃省的省会城市也变动过，在1667年至1670年，甘肃省的省会城市在巩昌府，1670年至1911年，甘肃省的省会城市在兰州。兰州在1670年至1739年之间名叫临洮府，1739年，临洮府改名兰州府。清代，巩昌府治陇西（今甘肃省定西市陇西县）。
巩昌府下辖：陇西（今甘肃省陇西县）、安定（今甘肃省定西市安定区）、会宁（今甘肃省会宁县）、通渭（今甘肃省通渭县）、宁远（今甘肃省武山县）、伏羌（今甘肃省甘谷县）、西河（今甘肃省西和县）共7县；岷州（今甘肃省岷县）1散州；洮州（今甘肃省临潭县）1散厅。
江苏省的省会城市在1645年至1661年在江宁府，1661年至1667年在苏州府，此后，江宁府和苏州府共同作为江苏省的省会城市。
清朝时期，两江总督管辖范围包括江苏、安徽、江西、上海。两江总督，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，驻江宁（今南京），总管江苏（含上海）、安徽和江西三省的军民政务，正二品，加兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品。
安徽省的省会城市从江宁府迁移到安庆府，再迁移到庐州府，最后迁移到安庆府。从1667年至1760年之间，安徽省的省会城市在江宁府，1760年至1853年，安徽省的省会城市在安庆府。1853年至1862年，安徽省的省会城市在庐州府。1862年至1911年，安徽省的省会城市在安庆府。
四川省的省会城市在1646年至1659年在保宁府（今天的阆中市）。四川省的省会城市从1659年以后在成都府。
新疆省的省会城市从1762年至1884年在伊犁惠远城，1884年至1911年在迪化府。
河南省的省会城市从1644年至1911年都是开封府。
广西省的省会城市从1650年至1911年都是桂林府。
黑龙江省的省会城市从1683年至1685年在瑷珲城，从1685年至1689年在墨尔根城，从1689年至1911年在齐齐哈尔。
吉林省的省会城市从1662年至1676年在宁古塔城，从1676年至1911年在吉林乌拉城。1747年，吉林乌拉升级为吉林直隶厅，1882年升级为吉林府。
奉天省的省会城市从1662年至1911年一直是奉天府。
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