约两月后，林彪带领东北民主联军指挥所出关撤往阜新。此时，国民党部队已进占锦州、沟帮子一带，恶战一触即发，情急之中，林彪得知陈光处有部大功率电台，连忙致电陈光，要求调电台和机要人员火速赶往阜新。陈光考虑没有电台无法进行联络、指挥，况且林彪部已有两台大功率日制电台，当即回电希望不要调走电台。林彪则两度来电继续催调，并严辞责问陈光扣押电台，妨碍其指挥作战。见此情况，陈光忙抽调出电台及机要人员，准备送往林彪处。不料，锦州之敌大举进犯陈光部，仓促撤退之际，陈光只得带走电台及机要人员，电台因此无法上交。随后，性格内敛、含而不露的林彪多次在公开场合指斥陈光“无理霸占电台，抗命不交”。
1946年1月，陈光调任东满军区副司令员兼参谋长。1946年9月前后，东北民主联军的野战部队进行了第一次整编，以山东第七师及新四军三师七旅组成第六纵队。陈光于10月调任六纵司令员。
1946年12月下旬，为准备南下作战，六纵隐蔽开至松花江北的陶赖昭一线集结待命。陈光带领六纵3个师的指挥员去察看松花江冰冻情况，并到江南岸侦察敌情，以便大部队徒步过江。这时，林彪以“东总”名义给陈光来电称：为防止敌人过江进攻哈尔滨，要六纵仍撤回原防地。
此电报是征求意见，并非命令。陈光复电表示仍按原作战方案为宜，不同意将部队撤回原地。林彪不但不考虑陈光的意见，反而又直接给六纵各师发电报说：你们接电后，即向陶赖昭以北布防，“不要等待纵队的命令”。六纵3个师接此命令后随即撤走。在松花江南岸进行侦察的纵队司令员陈光被甩在一边，直到接到纵队司令部派骑兵通信员送给他通知后，才于第三天回到纵队司令部。陈光对此事极为不满，为此生了一场大病。不久，他就离开了六纵队，到哈尔滨养病。
1948年11月下旬，东北野战军百万大军入关作战。陈光随东北野战军领导机关从沈阳出发向关内挺进。1949年1月底，北平和平解放后，陈光即进入北平，同四野的其他领导人一起住在北京饭店。在这里，毛泽东亲自签署命令，任命陈光为第四野战军副参谋长。3月下旬，第四野战军在北平召开了师以上高级干部会议，林彪传达了七届二中全会精神。当讲到“防止居功自傲”问题时，林彪当众点名批评了陈光。刚接到新任命不久的陈光受到当众点名批评，好像被劈头浇了盆冷水，十分恼火，认为这是林彪有意打击他。林、陈的关系由此达到白热化。
在广州工作中的错误被定性为“反党”
1950年1月，陈光被任命为广东军区副司令员兼广州警备区司令员。接到新的任命后，陈光心情很愉快。元旦这天，他辞别了夫人和两个儿子，独自去刚解放两个月的广州赴任。
陈光到达广州后，在组织部队和发动群众进行剿匪肃特、巩固社会治安、解决粮食供应、稳定市场物价等方面做了一些有益的工作。但由于他出身贫穷，没有文化，也没有管理城市的经验，在处理城市管理建设中一些不熟悉的重大问题时，与许多枪林弹雨中厮杀过来的战友一样，遇到了人生的新课题。当时中央明确规定，在港、澳、台做情报工作，必须遵守严格的程序和高度的纪律。结果陈光在掌握政策时，表现得主观、简单和不够审慎，以致出现一些较大的错误。他还违反干部政策，从老家宜章将烈士子弟和知识青年招到广州，办起了训练班。
对于这些错误，组织上发觉后，及时找他谈话，劝他认识和改正错误。由于性格的原因，加上组织上对其错误有些不实和夸大，倔强的陈光产生了严重的对立情绪，表现得很不冷静。后来，在广东军区党委的组织生活会上，大家就其错误开展批评，结果陈光再次发了脾气。尽管陈光的这些错误并非敌我矛盾，但由于他抵触的态度，最终还是酿成了悲剧。
这件事很快报到了中南军区，当时林彪担任着中南军区司令员的职务，结果是可想而知的。鉴于陈光的错误和抵触情绪，中南军区报请中央后，给予他开除党籍的处分。
此后的几个月间，华南分局和广东军区的领导人曾多次同陈光谈话，劝他认识和改正错误，但倔强的陈光都没有接受“劝告”。
1950年7月22日，中南军区致电广东军区，要求软禁陈光。第二天，军区保卫干部当面向陈光宣布了撤销其广东军区副司令员兼广州警备司令员等一切职务的决定。从这天起，陈光就被软禁起来，警卫人员全部撤换，只留下一个老炊事员为他做饭。
含冤离世，30多年后终获平反
1950年10月，抗美援朝战争爆发后，陈光被转移到了武汉，在这里他仍然被隔离起来，由一个警卫班负责看守。
在此期间，中南局和中南军区的一些过去陈光的老部下去看望陈光并同他谈话，劝他认识自己的错误。但陈光认为加在自己头上的“当年的陆房突围、无故扣押电台、对港澳台情报工作以及私自招收宜章子弟开设训练班”等主要错误与事实有较大出入，处理得极不公正，并认为是林彪出于历史过节，刻意加害他，因而拒绝接受组织对他的处理。
在武汉关押期间，陈光心中十分痛苦，时而烦躁暴怒，时而郁闷消沉。由昔日的功臣沦为阶下囚，陈光百感交集。1954年6月7日，陈光在长期被关押，精神上备受折磨，而问题又无望解决的情况下，含冤去世。
30多年后，在纪念长征50周年之际，熟知陈光的人，包括罗荣桓元帅的夫人林月琴在内的10余名老同志，联名上书陈云，希望重新公正处理陈光的问题。1987年，中纪委、中组部、军纪委和总政组成联合调查组，经过认真细致的审查，实事求是地认定陈光解放初所犯错误纯属人民内部矛盾，受到了林彪的诬陷和打击，以致长期监禁和错误处理。1988年4月，经中央批准，撤消了强加于陈光头上的“反党”结论，恢复他的党籍和名誉。此时，距陈光蒙冤去世已是整整34年。
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