上海
撰文丨王聪
编辑丨王多鱼
排版丨水成文
2020 年 11 月底，谷歌旗下公司DeepMind推出了AlphaFold2，这是一款用于预测蛋白质三维结构的 AI 模型，一举解决了长达 50 年的蛋白质折叠难题，其能够仅根据蛋白质的氨基酸序列就精准预测出蛋白质的三维结构。AlphaFold2 一经推出，迅速火遍世界，不仅得到了全世界科学家的广泛使用，更为它的开发者John Jumper和Demis Hassabis赢得了获得了 2024 年诺贝尔化学奖。
2021 年，DeepMind 拆分创立了一家名为 Isomorphic Labs 的 AI 药物研发公司，由Demis Hassabis出任 CEO，该公司有着一个宏大的目标——利用 AI 变革药物发现，解决所有疾病。
一年前，Isomorphic Labs在首次外部融资中募集了 6 亿美元，2026 年 5 月 12 日，该公司宣布完成21 亿美元的 B 轮融资，创下了 AI 制药领域单轮融资规模新纪录。此轮融资由 Thrive Capital 领投，现有投资者 Alphabet 和 GV 以及新投资者 MGX、淡马锡、CapitalG 和英国主权人工智能基金跟投。
Isomorphic Labs在声明中表示， 这笔资金将用于 Isomorphic Labs 的 AI 药物设计引擎IsoDDE的持续开发和部署，加快并扩大其临床前治疗项目的研发进程。此外，这笔资金将通过在全球各站点整合世界一流的 AI、工程、药物设计和临床人才，来支持公司现有的招聘目标，以帮助实现公司的长期愿景——利用 AI 驱动的突破来应对最复杂的生物和医疗挑战，并解决全球疾病负担问题。
Demis Hassabis
Isomorphic Labs创始人兼 CEO，诺奖得主Demis Hassabis表示，此轮融资是众多顶级国际投资者对我们以 AI 为先的药物设计与开发方法投下的巨大信任票。既然我们已经证明了我们的方法从根本上是可靠的，那么接下来的重点就是将这些技术扩展到其全部潜力。这笔资金的注入将使我们能够大规模构建药物设计引擎，推动我们朝着解决所有疾病的目标前进。
2021 年 7 月，DeepMind在Nature期刊发表论文，公布了AlphaFold2的开源代码，并发表了完整方法论，详尽细致说明了 AlphaFold2 是如何做到精确预测蛋白质三维结构的。
2024 年 5 月，DeepMind在Nature期刊发表论文，推出了 AlphaFold2 的全面升级版——AlphaFold3。与 AlphaFold2 相比，AlphaFold3最大的进步在于——不仅能预测单个蛋白质的结构，还能预测蛋白质与几乎任何生命分子（包括配体、蛋白质、DNA 和 RNA）的相互作用。
2024 年 11 月，DeepMind 宣布AlphaFold3开源，允许研究人员下载其底层代码并将其应用于非商业领域。
2026 年 2 月，Isomorphic Labs推出了 AI药物设计引擎——IsoDDE（Isomorphic Labs Drug Design Engine），并进一步展示了其强大且广泛的功能中的一部分。
Isomorphic Labs 表示，IsoDDE 开启了理解生物分子世界的新范式，实现了前所未有的预测准确性（在预测准确性方面超越了 AlphaFold3，并引入了新功能），弥合了结构预测与现实世界药物发现之间的差鸿沟，从而能够在计算机上以极高的精度和理解力理性设计新药。外界也将IsoDDE 理解为AlphaFold4，只是不再开源。
蛋白质-配体结构预测准确性
抗体-抗原结构预测准确性
结合亲和力预测性能
仅提供 cereblon 蛋白的序列，IsoDDE 就能预测出了已知和新发现的隐匿位点，而无需指定配体
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