一、合理确定磷肥的施用时间
一般来说，水溶性磷肥不宜提早施用，以缩短磷肥与土壤的接触时间，减少磷肥被固定的数量，而弱酸溶性和难溶性磷肥往往应适当提前施用。磷肥以在播种或移栽时一次性基肥施入较好。多数情况下，磷肥不作追肥撒施，因为磷在土壤中移动性很小，不易到达根系密集层。不得已需要追施时，应强调早追。
二、正确选用磷肥的施用方式
磷肥的施用，以全层撒施和集中施用为主要方式，集中施用又可分为条施和穴施等方式。全层撒施即是将肥料均匀撒在土表，然后耕翻入土。这种施用方式会增强磷肥与土壤的接触反应，尤其是酸性土壤上可使水溶性磷肥有效性大大降低，但有利于提高酸性土壤上的弱酸溶性和难溶性磷肥的肥效。
集中施用是指将肥料施入到土壤的特殊层次或部位，以尽可能减少与土壤接触的施肥方式。这一方式尤其适合于在固磷能力强的土壤上施用水溶性或水溶率高的磷肥，从某种意义上说，施用颗粒磷肥也是一种集中施用的方式。
三、注重磷肥的残效
要最大限度地减轻施用磷肥对环境的污染，就必须加强磷肥的合理施用，包括合理用量、合理施用方式和合理施肥时间的确定。磷肥不同于氮、钾肥，它的当季利用率较低，长期施用较易于在土壤中积累。磷在土壤中异常积累虽然不致直接因淋溶而进入水体，但是在水土保持较差的生态系统中则可能因表土冲刷流失而引起水体污染。
在高磷供应水平下，作物可能出现磷的奢侈吸收，导致体内铁、钙、镁、锌等元素的生理性缺乏。其次，作物吸收过多的磷还会妨碍淀粉的合成，也不利于淀粉在体内的转运，造成作物成熟不良，瘪粒增加。
磷肥的当季利用率大体在10%～25%，低于氮肥、钾肥的利用率。磷肥当季利用率低与作物种类有一定关系。一般来说，谷类和棉花的利用率较低，而豆科、绿肥和油菜等作物的利用率高。磷肥利用率低，更主要的是受土壤条件的影响，在部分固定磷能力特别强的土壤上，在用量不高时，磷肥甚至不能表现出增产效果。只有在用量达到相当大之后才显著增加作物产量。虽然说磷肥的当季利用率不高，但叠加利用率却不低。所谓叠加利用率是指在一次施肥之后，连续种植各季作物总吸磷量占施磷量的百分率。
磷肥的后效一般可达5～10年，甚至更长时间。也就是说，被土壤固定的磷并不是无效，而是可以逐渐被作物吸收利用的。磷肥的叠加利用率从26%到近100%。提高磷肥利用率必须从当季表现利用率上升到叠加利用率来考虑，这样也符合磷肥后效长的实际情况，此外还应积极采取各种措施，减少土壤对磷的固定作用，充分发挥磷肥后效、提高磷在土壤中的移动性、选育磷利用效率高的作用优良品种、增强作物根系的吸收能力，以提高磷肥的当季利用率和积累利用率。
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