在征地拆迁中，尽管地方政府是负责组织实施征地拆迁活动的主管部门，但因为拆迁范围广、涉及的问题较多，因此许多地方政府都会设立一些机构，比如“拆迁指挥部”、“拆迁安置指挥部”、“拆迁小组”等临时机构，一般非法强拆的具体实施者也是这些机构，那么如果拆迁户的房屋被这些临时机构拆除，应当起诉谁、以谁为被告呢？
根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释》第二十条的规定，起诉的时候，谁设立的这些强拆机构，那么就以谁为被告，一般情况下，都是市县政府设立的，因此起诉的时候也往往应当以市县政府为被告，由市县政府承担非法强拆的赔偿责任。
法律规定：
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释》第二十条：“行政机关组建并赋予行政管理职能但不具有独立承担法律责任能力的机构，以自己的名义作出行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以组建该机构的行政机关为被告。 法律、法规或者规章授权行使行政职权的行政机关内设机构、派出机构或者其他组织，超出法定授权范围实施行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以实施该行为的机构或者组织为被告。 没有法律、法规或者规章规定，行政机关授权其内设机构、派出机构或者其他组织行使行政职权的，属于行政诉讼法第二十六条规定的委托。当事人不服提起诉讼的，应当以该行政机关为被告。”
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