相信很多人了解“和卓”都是通过《还珠格格》中的“香妃”。“和卓”为波斯语，指“学者”、“高贵的人”，和卓传入中国是伊斯兰教在新疆进一步发展的结果。
伊斯兰教早期的传播是阿拉伯人武力扩张的结果，可当酋长们武功耗尽，尤其是蒙古人西征后，伊斯兰教在东方的发展进入了一个瓶颈期。
在蒙古铁蹄的蹂躏下，中亚穆斯林对他们的“神”产生了怀疑。此时神秘的苏菲教派则趁机崛起，将默罕默德女儿的后裔，即“和卓”塑造成神。相比于原先遥不可及的“神”，能够近距离接触的和卓无疑更具吸引力，因此和卓崇拜从十四世纪起风靡中亚。
新疆历史上是佛教圣地，十世纪伊斯兰教传入后发展一直不顺。直到十四世纪，东察哈台汗国的秃黑鲁·帖木儿汗皈依入教，伊斯兰教才迎来大发展，成为新疆唯一占统治地位的宗教，并产生了政教合一的国家——叶尔羌汗国。
十六世纪，默罕默德女儿法提玛的第十九代后裔，和卓玛赫杜米·艾扎木来南疆传教，并很快获得叶尔羌拉希德汗的支持，从此新疆也开启了和卓崇拜的热潮。
玛赫杜米·艾扎木死后，长子和第七子相继来南疆传教，但为争夺遗产而发生内讧，进而产生了“白山”和“黑山”两大教派。
与此同时，叶尔羌汗国也产生了分裂，两大教派分别支持两个对立势力。叶尔羌汗国的分裂和颓废，让和卓家族有机会染指世俗权力，而教权的加入又进一步加速了叶尔羌汗国的衰败。
十七世纪二十年代后，白山派和黑山派斗争不断加剧。白山派和卓玉素普父子利用手中的权力大肆屠杀黑山派政敌和信徒，国家陷入一片混乱。1670年，在黑山派和卓的支持下，叶尔羌百姓发动了暴乱。和卓玉素普被杀，儿子伊达耶图拉逃往中亚。
伊达耶图拉在中亚纠结了一帮党羽，准备潜回喀什噶尔复仇，但很快被赶出新疆。伊达耶图拉经克什米尔进入西藏，在喇嘛教的介绍下，又见到了准噶尔蒙古的首领噶尔丹。
噶尔丹正在暗中积蓄力量对抗大清帝国，伊达耶图拉的到来正好给了噶尔丹控制南疆的机会。在准噶尔的支持下，伊达耶图拉推翻了叶尔羌汗国，自称“阿帕克和卓”，至此和卓正式接管了新疆的政教两权。
阿帕克和卓一面将自己神化成仅次于“默罕默德的先知”，一面对新疆百姓横征暴敛，以讨好准噶尔部。阿帕克的倒行逆施又给了黑山派以机会，南疆又陷入了长期的混乱。
噶尔丹兵败自杀，侄子策妄阿拉布坦继承汗位。策妄阿拉布坦本想继续利用白山派和卓阿哈玛特统治南疆，但很快发现阿哈玛特城府很深，“欲背准噶尔而自立一国”。
因此，策妄阿拉布坦将其捉到伊犁拘押，转而支持黑山派达涅尔和卓治理南疆。白山派并不甘心失败，当清军刚一平定北疆的阿睦尔撒纳的叛乱后，白山派立刻倒向清军，在南疆发动暴乱。
清军进驻准噶尔部老巢伊犁时，阿哈玛特和卓已经死去，但却留下两个儿子，即大小和卓。清政府想利用和卓的影响力，和平统一南疆，于是派大和卓波罗尼都收复叶尔羌和喀什噶尔，留下小和卓霍集占在伊犁掌管教务。
然而小和卓却是个野心家，他趁清乱逃回南疆，反对兄长“召集回人投顺天朝”的主张，并自立为“巴图尔汗”。大小和卓在南疆割据，乾隆只能发兵征讨。经过两年多的交锋，清军基本扫清所有叛乱，和卓家族在新疆从此衰落。
和卓势力的扩张主要因为与世俗封建主达成了结盟，可他们一旦与参与世俗权力的争夺，就必然会遭受封建势力的打压，这是和卓家族在新疆，乃至中亚衰亡的重要原因。
除此之外，和卓家族为了争夺继承权，不断发动内讧，还不惜借助异教徒的力量反击，因此很容易失去信徒的支持。
最要命的是经过一代又一代的繁衍，“和卓”早已严重泛滥。据说跟随阿古柏入侵新疆的和卓后裔曾发出过这样的感叹：“我的和卓身份，甚至都换不来一个高粱馕”。
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