在马里亚纳群岛战役之后，强大的日本海军主力几乎已经损失殆尽，主要的军舰大大小小加起来只剩下165艘，排水量约为88万吨；而美军在太平洋战场上的舰艇却有将近800艘，排水量为352万吨。即便如此，日军大本营仍然想着如何翻盘，从关东军中抽调了6个精锐师团调往菲律宾，并集结剩下的海军主力，试图在那里击败美军，一举扭转局面。
1944年8月，在菲律宾的日军完成扩建，由一个军提升为方面军，并由日军名将山下奉文大将担任总指挥。此时，山下奉文手中的第14方面军已经包含9个整编师团、3个旅团，共计23万人，这支部队也算是二战中日本最后一支有较强战斗力、编制相对完整的部队了。加上海空军以及关东军的支援，这一带的日军总人数已经逼近60万人，这种规模的部队，对于日本来说在整个二战都不多见。
美国方面自然也不敢掉以轻心，进攻菲律宾的美军陆海军总人数也超过50万人，由麦克阿瑟统一指挥。1944年10月20日，美军登陆莱特岛。该岛当时的日本驻军只有第16师团，而美军的登陆部队则为第6集团军，下辖5个师共计20万人。日军根本就抵挡不住，不得不弃岛逃往内陆。
莱特岛一战打得非常惨，第16师团的13778名士兵，最终仅有620人幸存。著名的“莱特湾海战”也是在此时爆发的，过程十分惨烈，日军遭遇惨败，超级战列舰“武藏”号也是在这场战役中被击沉，笔者在此就不做过多赘述。虽然陆海军皆遭遇惨败，但日军高层居然仍决定增援莱特岛。
大本营认为，此时的菲律宾正直台风季节，虽然美军占领了机场，但由于暴雨，美军根本无法使用。因此日本在制空权上根本不差太多。而相比空战和海战，日军陆战则相对有把握一些。因此，日军将第1、第26师团和第68旅团等部队送上莱特岛，日军在岛上的陆军一度达到7万人。
巧的是，日军刚在岛上集结完毕，到了11月中旬开始，天气突然好转了。美军破译了日军密码，得知日军运输船队要从南边靠近莱特岛，立马派了347架飞机进行轰炸。日军当场淹死近1万人。而莱特岛上的日军随后也陷入了补给被切断的困境，只能负隅顽抗。此后直到1945年1月的这段时间里，美军近付出3500人的代价就几乎全歼了岛上的日本人，就连号称“玉”师团的第1师团也全军覆没，只有743人幸存。
此时，大本营不得不放弃莱特岛，转而将重点放在吕宋岛上。美军则在进攻吕宋岛的战役中投入各种舰艇850艘，在庞大的登陆部队面前，日军拼死抵抗，最终还是落荒而逃。他们躲进丛林里，原本打算利用复杂的地形和气候条件跟美军拖到底，谁知那里却变成了日军的地狱。
日军面临的第一个问题就是缺乏食物。他们进入丛林后，立刻寻找所有能够填饱肚子的东西，丛林里的飞禽走兽尽数被当成食物。第二个问题就是疾病，据一名幸存的日本士兵回忆，刚进入丛林没多久，烂脚病和革登热就要了不少人的命。因为缺少医疗物资，得了这些病的士兵基本上就相当于死了。
不过，折磨日本兵们最深的还不是这些，有一种叫做“回归热”的病更是让人无法忍受。第一次得这种病，一般会持续数天高烧，然后高烧会退去几天；然而很快高烧又会持续性地周期发作，而且周期越来越短，越来越频繁，直到把日本兵折磨得没有人形，在痛苦绝望中死去。
因此，在疾病和饥饿的双重折磨下，很多日本人已经失去理智了。一本名为《骷髅的证词》中就提到过，曾有4名饿到没有办法的日本士兵杀掉了熟睡中的少尉，然后把他的尸体烤了吃了。日本士兵荻原长一也回忆说，有3名战友给了他一块味道奇特的烤肉，吃完自后才知道原来那是战友尸体的肉。他看过那具尸体，两条大腿上的肌肉已经被剔干净，只剩下白森森的骨头。
菲律宾战役，日军可谓是损失惨重。据《日本陆海军事典》统计，此役日军陆军死亡36.87万人，海军11.79万人。加上一部分民兵武装，阵亡数就超过了50万人。而实际上，其中战死的人数量有限，大部分死于疾病或是自相残杀。看到这里不得不感叹：当年战争的残酷，更是反衬了如今和平的来之不易。
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