1792～1793年，汉密尔顿的反对者在麦迪逊的领导下组成了一个全国性的政党——共和党，由于杰斐逊的社会地位和政治影响，被公认为是该党派的精神领袖。1792年夏秋之交，汉密尔顿利用弗雷诺在《国民公报》上发表抨击他的文章的事件，对杰斐逊进行猛烈的人身攻击。杰斐逊曾举荐弗雷诺在国务院任译员，但他表示从未指使弗雷诺从事党派活动，而且拒绝压制弗雷诺。此时，杰斐逊对政治生活已感到厌倦，请求辞职，但被总统拒绝了。
1793年的最后一天，他的辞呈最终获批准，遂起程返乡。
副总统在蒙蒂赛洛，杰斐逊避开一切公务，全身心地经营他的农场，进行科学研究，并从书本和家庭生活中寻找乐趣。在退休后的两年中，他的农场生产已经达到了州内一流水平。但国内政治形势的发展仍不时牵动他的心。他对华盛顿政府日趋保守的倾向深感不满，认为《杰伊条约》是美国外交的“耻辱”，指责汉密尔顿偏袒大资产阶级的利益，是一个贵族政治论者，反对政府的亲英外交政策。然而他一再发誓：永不踏入政坛。但由于他在民众和政坛中均拥有巨大的威望，1796年共和党仍推举他为总统候选人。虽然杰斐逊本人在选举中一直作壁上观，但结果仅以三票之差败给了约翰•亚当斯，成为亚当斯政府的副总统。据分析，只要杰斐逊稍做努力，选举就会是另一种结局。亚当斯的当选还得益于当时人们的一种模糊看法，即认为副总统理应继任总统之职。但杰斐逊却表现出一种开明和大度，他甚至表示：论资历，亚当斯当总统是应该的。
亚当斯政府是第一个具有明显党派性的全国政府，联邦党人控制了各个权力部门，党同伐异，迫害异己，政治专横。对内颁布了不得民心的高压法令，严重侵犯了人民的权利。对外实行亲英政策，使美法关系走到了战争的边缘。所有这些都激起杰斐逊的强烈不满。为此他起草了《肯塔基决议案》，伸张“1776精神”和民主共和原则，团结一切进步人士，反对联邦党人的倒行逆施。此后，大部分国民对亚当斯政府失去了好感。
1800 年大选是美国历史上最激烈而隆重的选举之一，两党之争达到空前的高潮。联邦党人攻击共和党人具有雅各宾主义和恐怖主义倾向，而杰斐逊的支持者则指责对方政治专横，剥夺了人民的民主权利，甚至指责他们的目的是恢复贵族政治。最终杰斐逊大获全胜。在近代史上，反对党第一次从执政党手中程序性地接管了国家政权，杰斐逊成了美国历史上第一位在大选中击败执政党当选总统的在野党领袖。联邦党从此逐渐走进了历史，随之而来的是“弗吉尼亚王朝”的延续和共和党人长达二十多年的政治统治。
总统 1801年3月4日中午，杰斐逊拒绝卫队的护送和像其前任那样佩带宝剑，与几位朋友一同步行来到会场，发表了一个旨在清除隔阂，加强合作的就职演说。这个就职仪式是简短朴实的，充分体现了平民精神和亲民原则，为许多后继者所仿效。
杰斐逊希望建立一个民主、理性和有限权威的政府，一上任就着手革除积弊，以开创一个体现“1800年革命”精神的崭新局面。他一贯倡导民主和自治，防止专制暴政，主张严格解释宪法，限制政府权力。他精简军队，裁撤冗员，促使政府采取措施，开源节流，减轻民众负担，废除了曾触发威士忌酒暴动的联邦酒税。他还废除了上届政府颁布的一些为民众所厌恶的法令，同时致力于消弥党派分歧。
本文来源：网易历史
作者：刘文涛
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