杰斐逊的第一任期国泰民安,疆域扩大,人民生活水平也大大提高,在一定程度上实现了他的政治纲领和抱负。在1804年大选中,虽然反对势力给他泼了性混乱、反对宗教等污水甚至还编造了一个被称为“非洲维纳斯”的女奴是杰斐逊的情妇的花边新闻,但凭借民众的拥戴,他仍以绝对优势得以连任。
在杰斐逊第二任期内,美国政府遇到了一个又一个困难,然而,凭借自己的威望、政治智慧和内阁成员的鼎力相助,他最终克服了一个又一个危机。
就在他竞选连任顺利进行的时候,二女儿玛丽亚生病去世,他十分伤心。不久又发生了前副总统伯尔叛国事件。1800年大选中伯尔虽然为共和党的胜利起了重要作用,但他也是个品质恶劣的政治野心家和阴谋家。当他在政坛上失势后,即开始从事阴谋活动,试图分裂国家,事情败露后被逮捕。伯尔的叛国对杰斐逊是一个沉重打击,但最让他难以忍受的是,一向与他作对的联邦最高法院最终竟宣判伯尔无罪。
杰斐逊在任职之初希望把注意力放在国内建设方面,但实际上,对外事务牵扯了他相当大的精力,特别是在他的第二任期内。
在国际上,英法争端日趋激烈,两国不断侵犯美国的中立权——英国强征美国水手服役,据统计,大约有五千个美国人被强征,而法国则扣压美国的船只。1807年发生的“切萨皮克号”遭袭事件更加剧了公海上的紧张局势,同时也加强了国内主战派的力量。杰斐逊后来回忆时指出:“是这一事件将战争提上了日程。”但此时杰斐逊主要是想用战争危险迫使英国人做出让步。为了维护美国的国家利益,杰斐逊签署了《禁运法》,中断了与国外的贸易联系。杰斐逊实施《禁运法》的另一个目的是想让欧洲人感觉到,美国正在为战争做准备,从而有所让步。这一政策使国家经济蒙受了损失,为许多人所抱怨,并招致反对党的恶意攻击,虽然达到了避免战争的目的,但联邦政府承担了沉重的压力。
1807年3月,杰斐逊签署了禁止奴隶贸易的法令——这是他多年试图完成的一项工作,但此法令未得到全国认真贯彻。
1808年大选时,杰斐逊拒绝了所有让他连任的恳求,向选民力荐他忠实的战友和学生麦迪逊作为他的政治继承人。当获悉麦迪逊在大选中获胜时,他感到由衷的欣慰和如释重负。
蒙蒂赛洛的隐士杰斐逊的晚年是在蒙蒂赛洛庄园度过的,亲自经营他的农场,进行农作方面的试验和改良。作为一个思想家和教育家,他终日与书籍为伴,也研究自然科学,偶尔还搞点发明创造。但他并未与世隔绝,通过大量的信件,他与各界友人保持着密切的联系,经常接待各方宾朋。经过通信,他恢复了与约翰•亚当斯中断多年的友谊,两人在书信中谈古论今,回首往事,成为他晚年的一件乐事。
杰斐逊始终认为,书籍是人类的良师益友。当他得知国会图书馆在第二次独立战争中被烧毁时痛心疾首,遂决定把自己的藏书献给政府。杰斐逊宝贵的藏书在重建国会图书馆时起了重要的作用。
杰斐逊还以极大的热情关注教育事业的发展。在多年研究的基础上,他制定了一套极为系统的教育制度,该制度充分体现了杰斐逊的教育理念和民主主义思想,对美国的教育体制和教育事业的发展产生了深远的影响。
