播客｜对话天鹜科技洪亮：从AlphaFold到“小龙虾”，“科学”正在走下神坛

从物理到化学，从化学到生物，从计算到人工智能——上海交通大学特聘教授、天鹜科技创始人兼首席科学家洪亮走过了一条典型的交叉学科之路。

他曾经是一名计算生物学家，当AlphaFold的出现打破了原有的科研路径后，他选择用AI做蛋白质工程。2026年，天鹜科技发布了全球首个“对话式干湿结合”的蛋白质设计智能体——MatwingsVenus™（晓鹜™）。从设计到实验，从验证到迭代，全程一站式完成，让每个人都有可能成为蛋白产品的创造者。

在洪亮看来，这是一次科研组织模式的技术革命。AI+自动化工具的出现，使得某些以往需要高成本高门槛的科研技能正在走下神坛，当AI使得一些职业门槛大幅降低，虽然会消灭一些工作岗位，但势必会激发更多的个人和极小的团队去做个性化创新，产出更多优秀的产品，推动生产力的发展。

从传统计算生物学到AI驱动创业，从做乙方服务到搭建to C平台，洪亮如何在AI浪潮中完成自我颠覆？

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对话天鹜科技洪亮：从AlphaFold到“小龙虾”，“科学”正在走下神坛

以下为播客内容节选：

洪亮：我是一个很交叉学科的背景，本科是在中科大学的物理，硕士在香港中文大学学的化学，博士在美国阿克伦大学学的生物，博士后在美国橡树岭国家实验室做计算生物学，2015年加入上海交通大学开始做人工智能。

澎湃科技：本科和硕士学的物理和生物，为什么去交大时转到了人工智能？

洪亮：我在橡树岭国家实验室实际是做了5年的计算，这个行业又叫计算生物学，其实都是“马后炮”，用计算为别人的实验结果做解释。

但是2020年AlphaFold出来了，大家就可以用这个软件去预测蛋白质结构，AlphaFold在我们这个领域是一个范式的变革，以前我们都是“马后炮”，而Alpha fold却是在实验之前就能预测，换句话说ta可以“马前炮”提前指导实验，降低实验的试错成本。

2020年AI蛋白质科研有三个方向：

第一个是结构预测，第二个是David Baker团队做的从头设计（de novo design），第三个是蛋白质定向进化，也就是蛋白质工程。我们走的是第三条路。

为什么选第三条？因为第一条路——结构预测，DeepMind已经做得非常好了，很难有人再超过它。第二条路——Baker做的从头设计，学术创新确实做得很好，但落地很难。我们也跟着他做了一段时间，做了半年，发现做出的蛋白质都没有功能。就选择了第三条路。

澎湃科技：为什么做出来的蛋白质没有功能？

洪亮：当时的从头设计蛋白的技术还不成熟。往往设计出来的蛋白表达不出来，或者表达出来有个结构，但没有活性。

现在随着技术越来越进步，从头设计的蛋白慢慢开始能够解决部分的问题了，但还是解决不了工业生产的问题，因为它是一个全新的蛋白，不是自然界就有的，用我们现在生物医药的高产菌株，就没有办法大量生产。不能大量生产，就会极贵无比。因此这个方向短时间产业化还是困难。

那蛋白质工程就是通过把一个蛋白质序列改3到5个氨基酸，让它更好地去满足应用场景。可以是个抗体、一个ADC，也可以是一个融合蛋白、工业酶等。

以前没有人工智能技术时，这些是用高通量筛选筛出来的。现在用了AI之后，把这个过程大大简化了，只需要少量实验验证就可以了。

澎湃科技：2021年为什么会想到要创业呢？

洪亮：当时我们和金赛药业有个横向项目合作，根据一个靶点设计小分子药物。当时设计出来，实验验证效果还不错。因为我一直做基础科研的，能做出对真实产业有用的东西，对我一个做基础科研的人来说是开了另外一个天窗，可以用“万分激动”来形容，成为了很大的驱动力。所以创业是那个起点。

大概在2021年，我们开始创业，用AI来做蛋白质设计，后面开始做产品，从生物医药耗材、生物基材料、体外诊断的酶，到药企里面用的抗体、ADC、融合蛋白。

做了好多之后，发现这么好的一个工具在我们手上，只为我们一家企业所用，太可惜了。

趁着“小龙虾”的崛起，我们发布的这个智能体MatwingsVenus™（晓鹜™）。它不是一个简单的模型，而是一个一站式的平台，你可以搜索文献、专利、市场，找到大概要做的方向，然后用我们的设计技术、蛋白质模型去设计你想要的功能蛋白/酶。设计出来后直接调用我们的机器人给你做实验，帮你合成出来，检测性能，性能不够好还可以反馈给模型做优化，直到满意，最后获得的是一个有功能的蛋白小样（产品的雏形）。

整个过程也就几个月时间，比过去动辄几年极大地提高了效率。

澎湃科技：就等于高通量筛选的人工活被AI给取代了。

洪亮：是，以前交大可能就一两个课题组能做高通量筛选，现在有了AI后，每个学校的科研课题组甚至是个人都能做这个事了。实验的成本、技术的难度大大降低了。 一个不懂蛋白质工程（改造、设计、合成、检测）的人也可以提需求，我们的智能体和自动化实验室可以跟你互动打磨出你要的蛋白样品。这是一个典型高科技的平权过程，让每个人都可以定制化地开发生物产品。最近我们平台上有一个年轻的爸爸，他的孩子得了罕见病，世界上还没有药。他就用我们的平台，尝试给他孩子寻找解决方案。

澎湃科技：每个人都有可能成为一个药物的开发者。

洪亮：科学没有我们想这么高大上。当它里面的本质逻辑和基本技术技能已经变成AI skills和机械手臂的标准动作的时候，每个人要做的就是提需求。

澎湃科技：如果没有药学基础知识，怎么来验证开发的是好还是不好？

洪亮：药这个事情是比较复杂的，有伦理问题，有各种复杂的检测标准和安评标准。但是我们做蛋白质，不仅是做大分子药，还有美容、美白、体外诊断、做检测，还有工业酶制剂，到底行不行，在我们实验室就检测出来了，有金标准。

澎湃科技：这个智能体的设计过程是怎样的？

洪亮：我们是去年8月的时候筹划干这个事情。我们公司内部之前有AI的模型，公司技术人员用这个模型设计蛋白，为了防止员工修改底层代码，我们做了一个流程化的界面，这是智能体的早期雏形。 去年8月份就启动做智能体的想法。

澎湃科技：你们在打造的过程中，主要的难点是什么？

洪亮：我们以前内部用的话，可以手把手教。但对外开放后，需要把一个复杂功能的东西变得让所有人（尤其不太懂的人）简单上手，类似傻瓜相机，并不容易，这里有大量工程问题。

此外，以前我们公司用这套软件不超过5个人，现在已经有1000多个用户，你要能够承接，要有相应的算力，相应的实验机器人，要有工程团队和客服团队去解决。

澎湃科技：有想过万一不成吗？

洪亮：创业是没办法保证一定成功的，只要公司的资金足够，你总要去尝试一些方向。这一轮人工智能最厉害的是to C。

“小龙虾”这个生态出来之后，以前看来很高大上、必须要专业的团队、专业的设备、必须大院大所或者大企业团队来做的事情，现在变得不是那么回事了。我们把成本打下来，你自己根据诉求去做，我觉得这是人工智能颠覆所在。我们做这件事的初衷很简单：1. 工具很强大只有我们用太可惜了，2. 我们不做别人也会做，既然行业注定会被颠覆还不如我们自己动手。这一轮AI大浪潮最有意思的特点就是头部公司最努力的不是挣钱，而是做有价值的事情，最有价值的事情就是颠覆现下的自己。你看Antropic和OpenAI现在最火的应用就是AI编程，这就是颠覆计算机这个行业。越是颠覆现有模式越是有价值。

澎湃科技：这个智能体算是有护城河吗？

洪亮：其他公司想做的话，工程化还是要投入不少时间和能力的。我们是全流程打通的，很多AI公司只能做前面的设计，有实验能力的可能AI的工程化还不敢烧这个钱，心里没底。我们做这个智能体最核心诉求还是为了建立生态（交朋友的能力），更多的科研人员和企业研发人员能依赖它，那我们的生态就赢了。现在的AI垂类公司核心竞争力就是生态的建设能力，“交朋友”的能力。

澎湃科技：前两年我们来采访您的时候，那个时候你讲你们主要的业务是在做蛋白酶的设计。现在是业务方向转了吗？

洪亮：我觉得我们天鹜科技是个人工智能公司。人工智能最关注的不是你一定做哪个产品，而是永远在AI的最前沿，否则可能一个新技术或者应用就把你给颠覆了。

通过智能体的呈现，我们把模型能力、实验机器人贡献出去，让更多人都能用着去做产品，同时也跟他们形成一个生态。

现在的AI公司就应该是数据加生态公司。我们建立了生态，有更多的使用体验数据，我们的模型越做越强，生态也更好了，我们公司就能活下去。

如果我们不做这个事情，现在排在天鹜后面的公司肯定干这个事，他干成我们就被动了。

澎湃科技：从创业第一天就已经有AI公司这个定位吗？

洪亮：是在创业过程中，因为你发现你的基因在那。

其实我们做蛋白的行业范围很宽，从体外诊断到生物医药耗材，到工业酶制剂的、生物基材料、创新药。这是五个方向，起点都在实验室，但制造周期并不同。

制药需要做动物效、上量爬坡、做安评、做临床一二三期，后面落地时间很长。

体外诊断是另外一个极端，你分子性能好，有个5升的发酵罐，一个企业就够用了，所以我们最早落地的是体外诊断的。

接着是生物医药耗材，一般到几百升、几千升就可以了。它会慢一点，要一年，因为后面还有中试放大。 到了工业酶制剂，那就是几十吨了，时间更长，我们工业酶制剂项目下个月才开始放大生产。 生物基材料不是几十吨能解决的，要上几千吨、上万吨，我们明年在四川那边才会起来。

但起初我们用AI设计蛋白时，对于最终落地产品的周期要多长，你是没有感知的。所以我们现在天鹜的定位是只做智能体，做数据、模型。其他产品分别设立子公司，从市场上招最优秀的人，给他们股权激励，独立往下走。

过去要学半年的科研软件，现在借助AI的3小时上手，AI颠覆了传统科研教育。(02:26)

澎湃科技：这波AI有点像20年前的互联网，但不同的是，今天人工智能受到的关注度远远超过当时的互联网初期，你们怎么来应对激烈的竞争？

洪亮：拥抱人工智能的技术最前沿，以不惜颠覆自己的模式去应用它，把资源倾斜在最优秀的年轻人上。

澎湃科技：你一直提到“小龙虾”，你是从什么时候开始用的？

洪亮：春节前吧，之前我们学生已经在用了，说这个很酷，我就去用用看。

当时我让一个不太懂分子动力学模拟的学生用小龙虾去跑一个分子动力学模拟的软件，他用3个小时干完了我们过去半年时间干的事情。

分子动力学模拟的一套软件是个非常专业的技术，我在美国博士后期间大概学了半年这个技术，之后我就用这个技术去帮实验的人做机制解释，还发表了好多优秀的文章。 回国之后我培养的学生有几个已经到外面当教授了，他们也是学这个技术，然后用这个技术作为自己的饭碗，给别人解决问题。

以前安装这个软件，跑的过程中出了错，要找师兄、找专家请教，很麻烦。

现在用小龙虾去做这些事情，所有的问题还是照样会发生。但是大模型会告诉你可能的解决方案，你指挥AI试错几个小时这些问题就都解决了。

澎湃科技：你当时看到这个，是什么想法？

洪亮：我们还做了一件事情：我们用大模型结合实验，写了一篇很好的生物学文章，投到了一个很核心的生物学期刊。这个期刊的发表水平可以让交大一个博士毕业。我们过去培养一个生物学博士要花5年时间，而这个文章我们只花了5天。

那我们是不是要反思一下我们的教育、人才培养？研发的底层逻辑是什么？如果将它做成一个skill包，做成一个智能体的平台，那更多的人可以接受到像清华、北大、复旦、交大的教育。如果更多的人能够接受这样的教育资源， 那我们这个世界是不是会有更多的优秀人才创造出更多个性化的产品出来？

人工智能会消灭一些职业，但更多的是以后的产品越来越个性化。

澎湃科技：你本身也是一名教授，现在带学生有什么变化吗？

洪亮：我们课题组招生是不分专业的。

我们有一个AI Lab，负责人是1998年出生的，其余全是“00后”，计算机专业的占1/4，其余有物理的、化学的、生物的、药学的、文科的学生都有，只要聪明就行。

澎湃科技：你怎么来判定聪明不聪明？

洪亮：在现阶段，聪明就是定义问题、解决问题的能力，你接受新事物、运用新技术的速度和效率，它不完全是由智商决定的。

在知识和技术快速贬值的今天，专家本身——我们这些有资源的人——就应该把资源投入给这些聪明的青年甚至是少年，让他们去做，抱上他们的大腿。

我们MatwingsVenus™（晓鹜™）就是一个“00后”带着20个人开发的。学生自己学，跟大模型学。我主要负责给他们找资源，定个大概方向，保证这些最优秀的大脑配上最好的资源，让他们做创新。

澎湃科技： 创业之后有后悔吗？

洪亮： 经常后悔。我每周都有不想干的念头，但是回不去了。

第一，投资人给你钱，就指望你去10倍、100倍给他们回报。

第二，我的学生还有一些优秀的员工跟我一起创业，其实我有很大的责任去做这个事情。

澎湃科技：什么事最难？

洪亮：快速学习。

首先要学习怎么为人处事，学校的教授喜欢自己思考一些问题，打交道的能力其实不强。教授也必须要有独立的自信才能做到别人做不到；但是挣钱就要与人交往，公司的老大永远是公司最大的BD。教授总觉得自己很牛，弯不下腰，科研上越牛的教授商业化越难成功。商业化最终是要挣钱，技术只是其中一个要素，更多的是要理解人家为什么非买不可，这其实有很多东西值得学习。

我花了很长时间才理解一个道理：一个公司是六边形，进攻的是研、产、销，防守的是人、财、运——人事、财务、运营。 一个教授只占了研发一条，而且往往是研发的前半段，后面生产的工艺优化、放大，教授也不懂。教授创业很容易带着学生一起干，但学生其实也不懂这些。教授习惯了做甲方，但公司基本上都是乙方。

澎湃科技：如果其他教授准备创业，来咨询您的意见，你会给他们一条什么建议？

洪亮：不要创业，因为真的很难，“不堪回首”。 我曾经为了一个10万的订单去一个外地企业跑了4-5次，最糟糕的是还没搞定。

但总的来说是痛并快乐着的。我其实挺感激这个社会的。我来自一个普通的下岗工人家庭。毕业时出国比较容易，回国后正好碰上科技创业成为可能，让我有机会带着一个接近200人的团队一起去做一件有意思、有可能会变得很伟大的事情，我觉得我挺幸运的。可能我以后老了，回想起来，觉得这辈子还是蛮酷的。

澎湃科技：如果你们公司能持续10年、20年，你希望成为一家什么样的公司？

洪亮：首先活下去、活得好是重要的。

Intel曾有一个非常辉煌的时候——所有电子产品都会因为有Intel的芯片在底层，会打上 “Intel Inside”的标记。我们在全球的生物领域，如果有天能出现“天鹜Inside”的logo就很了不起了。作为最底层的，它可以是个数据层的，可以是个模型层的，可以是一个蛋白质原料层的，但是最后会演化到什么程度，我现在还看不清楚。

澎湃科技：创业这几年，你有没有得到一些新的关于人生的根本认知？

洪亮：以前我经常跟团队说两句话：一是选择重要过努力；二是跟优秀人在一起。 但现在我还会说第三句话：这个世界就是个大的草台班子。

澎湃科技： 所以呢？

洪亮：干就完了，别人不比你更优秀。