大佬是怎么用TCGA数据做免疫分析的？

胰腺癌素有“癌王”之称，对化疗、放疗乃至免疫治疗都极为抵抗。其肿瘤微环境通常表现为免疫荒漠，缺乏能够激活 T 细胞的树突状细胞，而抑制性 T 细胞（如Treg）却大量存在，导致免疫系统无法识别和攻击癌细胞。

胰腺炎相关的炎症可能先于或与胰腺导管腺癌（PDAC）同时发生（Inflammation and tissue damage associated with pancreatitis can precede or occur concurrently with pancreatic ductal adenocarcinoma）。2024年6月，Science期刊发表题为Type I conventional dendritic cells facilitate immunotherapy in pancreatic cancer的研究论文，发现胰腺炎（胰腺发炎）虽然会加速胰腺癌发展，但改善了免疫治疗效果。

研究发现，伴随胰腺炎的胰腺癌（ptPDAC）中，经典型树突状细胞(cDC1)被大量激活，它们能激活免疫系统识别并攻击癌细胞。研究人员开发出一种 cDC1疫苗，联合免疫检查点抑制剂（如抗CTLA-4 + 抗PD-1），在多种小鼠模型中实现胰腺癌的完全消退，甚至建立长期免疫记忆。

用人类患者数据验证，DC多，活得久。左上图：组织切片图，显示CD11c+ DCs（棕色）与CD8+ T 细胞（红色）紧密相邻。右上图：点状分布图，显示CD11c+ DC数量与CD8+ T 细胞数量呈强正相关。下图：两条生存曲线。cDC1高表达的患者，生存期显著更长。仅有CD8+ T 细胞多不足以预测生存。通过120例胰腺癌患者的组织样本分析，发现肿瘤中CD11c⁺ DC越多，患者生存期越长；通过TCGA数据挖掘证实，cDC1特异性标志物（如BATF3）高表达的患者，预后明显更好。

芒果之见：转化是提升研究意义的关键，作者用TCGA数据做免疫浸润分析，探究免疫细胞标志物和免疫细胞对预后的影响，而且从泛癌角度出发，提供了数据挖掘的新思路。