首先明确一点，沈万三绝对没有被满门抄斩。
据《明史.后妃列传》所载：“吴兴富民沈秀者，助筑都城三之一，又请犒军。帝怒曰：“匹夫犒天子军，乱民也，宜诛。”后谏曰：“妾闻法者，诛不法也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥。不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉！”乃释秀，戍云南”，这里沈秀指的就是沈万三，当时朱元璋在南京登基称帝，为了让南京城符合作为帝都的威严，他开始征发三十万民工修筑城墙。
当然，此时明朝初立，百废待兴，此时朱元璋拿不出太多的资金去修建南京城，这时沈万三站了出来，他跟朱元璋说道，愿意帮助明廷修筑三分之一的南京城，即现今南京城墙的中华门到水西门一段。
此后，在沈万三的帮助下，南京城得以筑造完成。就在南京城落成之时，沈万三干了一件蠢事，他居然向朱元璋提出要替朱元璋犒赏三军，这点行为让向来对权力极其看重的朱元璋是十分震怒，其言：“匹夫犒天子军，乱民也，宜诛”，意思就是平民百姓居然想要犒赏天子的军队，这什么意思？是想造反吗？应当诛杀。
此时，马皇后就站出来劝谏道：“我听说所谓法律，是用来惩罚不法之徒的，而不是用来惩罚不祥之刃的。平民百姓富裕到可以与国家相匹敌，是他自取不祥。不祥之刃，上天将会降灾于他，陛下为什么要去诛杀他呢？”。如此，朱元璋决定不杀沈万三，选择将他流放到云南。
以《明史》所言，沈万三的死是他不自量力，是他妄自尊大，有逾越之嫌，他妄图用自己的钱财去犒赏原只有皇帝才能犒赏的天子之师，这无疑是让视权力为生命的朱元璋所不能容忍的，因此他的流放也就成了理所当然的事情。
当然据现今考证，沈万三并非是在洪武年间去世的，而是在元末去世的。
首先《明史》所记载的沈万三被流放云南的结局以目前考证来说肯定是错误的。虽然现在我们不知道沈万三具体的出生时间和死亡时间，但以其子沈荣和其孙沈森的年龄来看，我们大概可以推算出沈万三的年龄。据元末明初人王行为沈荣父子撰写的墓志铭来看，可以明确的是沈荣死于明朝洪武九年（1376年）秋八月，享年71，而沈森与其父死于同年，享年48。据此可知，朱元璋自1368年建立明朝时，沈荣已62岁，孙子沈森也已39岁，那么由此推断，当时沈万三的年龄肯定已是80岁上下。
同时我们可知明朝是在洪武十五年（1382年）才正式平定云南的，因此朱元璋就是要将沈万三流放到云南，最早也要是在1382年之后才能流放，毕竟要流放，起码这个地盘得属于明朝的，不然怎么能流放呢？由此可知，就算是在1382年，此时沈万三已是近百岁的老人，试问哪朝哪代会将百岁老人流放的？要知道中国自古就是礼仪之邦，是一个以孝为基础的社会，自古讲的就是尊老爱幼，因此，在当时没有一个帝王是会对一个百岁老人下手的。
因此，《明史》的记载肯定是有误的。
再是，以目前考证可知，沈万三是绝对活不到洪武十五年的。在沈荣的墓志铭中曾出现过这样一句话：“初，荣父（沈荣）之先君子（沈万三）游于故侍讲袁文清之门”，在古代只有故去的先人才会用到“先君”这个词，由此可知沈万三是死在洪武九年（1376年）前的。
同时在墓志铭中还提到沈荣曾建积善堂来“承夫先志”，“先志”顾名思义就是先人之志，先人就肯定是故去之人啦！而据史可知积善堂是在元代末年建成的，因此可知沈万三最迟也是在元代末年去世的，最多活到了六七十岁。
综上所述，沈万三最有可能的结局就是生在元朝，因病死在元朝，更有可能沈万三连朱元璋的面都没看到过，如此，也就更别说帮助朱元璋修筑城池了。
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