江苏解放后，中央在江苏境内设立了苏南、苏北两个行署区和直辖市南京市。1952年，苏南、苏北、南京三个省级单位合并为江苏省，南京为省辖市，当时不实行市辖县制度，南京面积较小不下辖县。
江苏省复设后，南京市仅下辖十一个区，以数字代称，名字分别是第一区到第十一区。1955年，南京市十一个区分别更名为玄武、白下、秦淮、建邺、鼓楼、下关、浦口、燕子矶、栖霞、雨花台、中山陵园区，改名后显然更有历史感和代表性。
1958年，扬州专区江浦、六合两县及镇江专区江宁县划归南京，1962年划出，1971年，江浦、江宁两县复划归南京市。这一时期，南京市辖区也进行了一定的调整，到1971年，南京下设要武、朝阳、遵义、红卫、延安、东方红、浦口、雨花台、栖霞及钟山特区。
1973年，要武、朝阳、遵义、红卫、延安、东方红六区分别改回原名，分别是玄武、白下、秦淮、建邺、鼓楼、下关。1975年，扬州地区六合县划归南京。到1982年这一时期，南京设立大厂区，钟山特区撤销。
1983年，镇江地区溧水、高淳两县划归南京市管辖，基本形成了现南京市市境，下辖江宁、江浦、六合、高淳、溧水五县及玄武、白下、秦淮、建邺、鼓楼、下关、浦口、雨花台、栖霞、大厂十区。
2000年，江宁县撤销改为江宁区。2002年，浦口区和江浦县合并为新的浦口区，大厂区和六合县合并为六合区。2013年，秦淮区和白下区合并为新的秦淮区，鼓楼区和下关区合并为新的鼓楼区，溧水、高淳两县撤县改区，南京市形成了现在的十一区格局。
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