在清朝，两江总督衙门驻地在南京（江宁府），管着江苏、安徽、江西三省。可以称南京为江苏省的省会，但江苏省的省会不止南京，还有一个苏州。
在清初的顺治二年（1645年），清廷将明朝的南直隶降格为江南省，省会在南京。不过，由于苏州是江南右布政使衙门（江苏省前身）以及江宁巡抚的驻地，苏州可以说是江苏省半个省会，差不多相当于现在的副省级城市。苏州所驻的两个省级机构，管理江宁府、镇江府、常州府、苏州府、松江府（上海）的民政和赋税的征收。
基本可以确定的是，苏州被认为成为江苏省省会的时间，是康熙六年（1667年）。这一年，安徽省和江苏省设立。此时的苏州，除了是江苏布政使衙门驻地、江宁巡抚衙门驻地，还是江苏按察使衙门驻地。除了军事功能，苏州已有了省会所应该具备的基本功能。此后，苏州和南京，同称为江苏省省会。只不过，南京更多的是担任军事功能，以及江北诸府的管理。
乾隆二十五年（1760年），“寄居”在江宁府的安徽布政使衙门迁回安徽省内的安庆府。同时，朝廷正式确定了江苏有两个布政使。驻苏州的衙门，原来管辖的五府，少了江宁府。而驻江宁的衙门，除了江宁府，还管辖江北的扬州、淮安、徐州三府。
那么，清廷为什么要把苏州定为江苏省的省会（之一）？为什么不是别的府？这里面就有很多讲究了。
首先是因为苏州的经济非常发达。不但是过去，就是现在，省会一般都是省内的经济中心（山东、福建等省例外）。江苏自唐宋以来，经济就雄居全国之首，明朝更不用说了。进入清朝，苏州依然是江南地区的大城市之一，与北京、汉口、佛山同称为天下四大聚，这是两江总督驻地南京都没有的称号。
“聚”是什么？就是工商业中心城市，说明苏州的工商业在当时在非常繁荣。苏州城的西部，主要是商品流通为主，东部则以生产丝织为主。
尤其是清朝的前期，因扬州久经战乱，南京又地位特殊，苏州实际上是江南工商业中心。工商业中心城市有个特点，就是对周边的城市有强大的辐射功能。另外三大聚，一在京师，一在两广，一在湖广。这也就意味着，广大的江南（江苏、安徽、江西、浙江）地区，一般都要受到苏州的经济辐射。
这还没说苏州的农业所产生的效益，占了清朝的10％。苏州只是一个府，经济实力就已远超很多经济不发达的省份。现在这种情况依然存在，苏州在2018年的GDP为18564亿，超过排名自20位以后的省份。截止清道光帝之前，苏州是公认的江南工商业中心。在上海刚崛起的时候，上海有个响当当的称号——小苏州……
乾隆二十四年（1759年），为纪念乾隆帝两年前的第二次南巡，画家徐扬创作了一幅名画——《盛世滋生图》，也称为《姑苏繁华图》。这幅画长1.24米，几乎是全景般展现了当时苏州高度的商业繁荣，堪称是清朝版的《清明上河图》。
苏州之所以能成为江南工商业和农业的中心，和特殊的地理位置有关。
江南水乡，一般是指北至长江，东至上海，西至南京，南至杭州的宁沪杭大三角。而苏州，正好处在这个大三角水乡的中间（偏东）位置，距离长江出海口、杭州湾都非常近，同时又在太湖的边上。古人说通三江、跨五湖，苏州完全符合条件。
清朝要在江南设江苏省除南京之外的省会，从哪方面看，苏州都是最符合条件的。经济发达，交通便利，又是江南人文荟萃之地。进士就不说了，苏州在明朝、清朝共有状元34人，这是什么概念？整个明清六百年，状元也不过204人。苏州一个府，就占了六百年间状元的近七分之一。
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