阿拉伯人曾传闻，先知穆罕默德说过：“学问分两类，宗教的学问和身体的学问。”身体的学问即指医学。伊斯兰教产生之前，阿拉伯半岛的医学是非常原始的，那时正常的药物往往同法术、符咒混在一起使用。另外还有少数的单方（土药方）和治疗方法，被称为“先知的处方”，如拔火罐、用蜂蜜做药、放血等，阿拉伯人把它们世代流传下来。
伊斯兰教诞生后，医药学由于它的实用性，受到哈里发等统治者的重视，因而在阿拉伯的自然科学中发展较为突出。而阿拉伯医学，主要是发源于希腊、罗马的医学，其次也受波斯和印度医学的影响。波斯胡泽斯坦地区的军迪沙卜尔城，是萨珊朝国王沙卜尔一世（240年~270年）所建，用来作为罗马俘虏的大本营。后来胡斯洛一世（531年~579年）在城中兴建了一所著名的医学院，医学院一直保存到阿拔斯朝时代，这座城市因而成为传播希腊、罗马医学的重要基地。在伊斯兰教产生前后，许多阿拉伯的有识之士就开始通过各种渠道学习希腊、罗马的科学。
在倭马亚朝时，哈里发已经允许翻译希腊和罗马的医学书籍。穆罕默德所属的古莱西部落的哈立德·叶济德就曾率先翻译希腊、罗马的医学、星相学和化学等书籍。在军迪沙卜尔最早从事医学教学的是一批拜占廷医生，伊斯兰教产生之前，阿拉伯人医生哈里斯·伊本·卡莱达（634年卒）曾到这所医学院向拜占廷医生学习，学习结束后到波斯各地行医。伊斯兰教产生后，哈里斯被认为是阿拉伯半岛上第一个受过科学训练的医生，获得了“阿拉伯人医生”的称号。阿拉伯人征服了整个西亚后，在被征服地区有一些认识希腊文的非穆斯林医生开业行医，并相互传授古代希腊、罗马的医学。
这些医生中较为著名的有倭马亚朝第一位哈里发穆阿维叶的御医伊本·伍萨勒，他是一名基督教徒；伊拉克总督哈查吉的希腊医生台亚左格，据说曾写过3、4部医书，但均失传。另外还有一名著名医生马赛尔哲韦，是信奉犹太教的波斯人，他于683年曾将一篇叙利亚语的医学论文翻译成阿拉伯语，这篇论文原是埃及亚历山大里亚的基督教士艾海伦用希腊语写成的，这个译本成为用阿拉伯语写成的最早的科学文献。倭马亚朝的统治者十分重视医学，据说哈里发韦立德曾下令把麻风病隔离，并指定专人为之治疗。欧麦尔二世曾将受希腊传统影响很深的医科学校从亚历山大里亚城迁到叙利亚的安条克和伊拉克的哈兰城。
到阿拔斯朝时，医学成了受哈里发资助的官方事业，因而迅速发展。这时阿拉伯的医学仍受到古代希腊、罗马医学的影响，著名翻译家侯奈因和他的儿子易司哈格，把古希腊医学家格林的全部著作和古罗马医学家盖仑的大部分著作，从希腊语翻译成了阿拉伯语，对阿拉伯的医学产生了极大影响。当时要精通医学业务的人，都必须学习希腊语。所以当时正规的阿拉伯医生通常都懂得希腊哲学，他们除了必须学习医学、解剖学之外，还应该学习逻辑学、伦理学、哲学等，许多医生都读过一本名为《优秀的医生应该是一名哲学家》的书，有意识地用希腊哲学思想指导自己的医学临床和研究工作。
阿拉伯人自己创办的医院这时在阿拉伯世界各地纷纷出现。第一座正规的阿拉伯医院，是哈里发赖士德于9世纪初在巴格达仿照波斯医院建立的，名称为“比马里斯坦”，波斯语的意思是“治病的地方”，就是医院。以后不久，在阿拉伯世界的埃及、叙利亚、北非、西班牙等地陆续设立了30多所正规医院。
这些医院都配有药房和为妇女特设的病房。许多医院还附设了图书馆，讲授医学课程，兼有医学院和医学研究所的功能，培养了大量医生，并研究出不少药物和治疗方法。11世纪时伊斯兰世界出现了官方组织的旅行医疗队，医生们带着药品，到全国各地对人民进行巡回诊疗。治疗手段也比以前大为进步，阿拉伯医生已知道消毒、使用麻醉剂，并懂得用较为有效的方法治疗伤寒、霍乱等急性病。这时的医疗管理水平也大有提高，医生和药剂师皆须经过考试才能就业。931年发生了庸医事件，巴格达大医院院长息南奉阿拔斯朝政府命令，对巴格达所有的营业医生进行一次考试，有860多名医生成绩合格而获得行医执照，庸医全被淘汰。
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