1368年闰七月，明军进攻元大都，元顺帝妥懽帖睦尔出逃，蒙古正式的退出了中原，元朝结束了作为中原王朝的统治。这一年也是历史上元朝和明朝的分界点，标志着元朝的正式灭亡，但是元朝的灭亡并不意味着蒙古帝国的消失，其实蒙古帝国一直存在。
元顺帝逃走后，率领着王族和仅剩的军队回到了当初黄金家族的发家之地——蒙古高原。黄金家族失去了对于中原的统治，也无可避免的走向了下坡路，直到最后分崩离析。但是得益于成吉思汗当年打下的辽阔版图，使得蒙古帝国幅员辽阔，各大汗国、部落林立，失去元朝并不是毁灭性的打击，元顺帝依旧是蒙古各国的宗主国。
元顺帝去世后，他的儿子爱猷识理达腊在哈拉和林继位，继续延续着残元的统治，但是也无可避免的遭受到了明朝军队的打击。1372年大将徐达带兵进攻哈拉和林，这个蒙古帝国的大本营一旦失去，黄金家族荣耀将荡然无存，所以蒙古军队誓死抵抗。但是明军太过强大，一路势如破竹将爱猷识理达腊逼上了绝路，让他殉国的心思都有了。大幸的是明军由于补给线太长，无法继续进攻，让黄金家族免于一难。
1388年，10万明朝军队在大将蓝玉的率领下再次进攻残元势力，双方交战于合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸。残元势力大败，多位王和平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿趁乱逃走，但是被部下大将缢杀。这次的失败使得黄金家族彻底的失去了对于蒙古各部的统治力，已经陷入了名存实亡的境地，大部分的蒙古各部都纷纷宣布脱离自立。
但是由于黄金家族分布世界各地，所以并没有完全的被消灭，蒙古帝国也没有就此消亡。在额色库不停的与阿鲁台和马哈木争夺最高宗主权的同时，残元末代皇帝额勒伯克的儿子本雅失里趁机复辟，宣布自己成为蒙古帝国的大汗，由于黄金家族的强大号召力，很快的整合了蒙古各散部和阿鲁台的力量。但是明朝这边却并不希望见到这样一个局面，分散的蒙古各部不足为惧，但是一个整合的帝国却是大患。
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