明沿元制，于诸卫置镇抚司。而锦衣卫所属的南北两镇抚司，尤专以酷刑镇压人民。
朱元璋为加强中央集权统治，特令锦衣卫掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问活动，且不经司法部门。锦衣卫的创建者负责侦缉刑事的锦衣卫机构是“南北镇抚司”。
明朝中央机构
其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪。“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过司法机构。北镇抚司外部任务较多，经常出差全国。北镇抚司外出特务皆为“钦差”。由于北镇抚司直接向皇帝负责，因此地方官员见到北镇抚司的人都是恭恭敬敬，一点不大意，称呼为“上差”或“钦差”。
锦衣卫
南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
锦衣卫自洪武十五年（1382年）设立后，直接听命皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。
至1661年南明永历帝时期，锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀，才可说是正式结束锦衣卫长达290年的历史。清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立锦衣卫。顺治二年（1645年），改称銮仪卫，清朝的锦衣卫仅存在一年。
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