因秦统治指导思想的调整而出现的文化统一过程中百家文化兼容的状况，使各家文化在秦政治生活中的地位上升，而故秦占主导地位的法家文化在政治决策中的作用一定程度上受到削弱，从而引起法家代表的不满。商鞅变法后法家取得主导地位以来，法家逐渐渗入秦文化的价值层次，决定着秦地民众的共同文化心态，这构成法家雄厚的社会基础，一切法家思想的异端，都必定受到激烈的反击。秦统一后，法家的重要代表人物李斯就成为激烈批评现行政策的反对派。秦始皇二十六年(前221年)，丞相王绾等提议分封诸子为诸侯王，即受到廷尉李斯的反对，他认为“诸子功臣以公赋税重赏赐之，其足易制”得到始皇的赞同。其实李斯的主张在客观上也是弥足正确的，尚不足以尽显其私心。然而始皇三十三年(前213年)，秦始皇在咸阳宫会宴群臣，博士淳于越倡言“师古”，又当即受到已升任丞相的李斯的指责，说诸子文化代表“入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤”，必将危害统治安全，因此建议“焚书”，彻底断绝各家文化教育的传承、发展。而恰在此时，秦朝的政治形势发生了逆转。秦始皇二十九年(前219年)，秦始皇在阳武博浪沙和咸阳兰池宫两次受到武装攻击。这说明六国的反抗运动并未消弭，这不能不引起秦始皇对现行政策的反思。
由于秦始皇对六国文化的优容政策，使之保存了较强的实力，秦统治阶层虽然从政治上、经济上苛暴地铲除了东方六国的生存基础，却没有也无法割断其文化上联系。数百年来，各国的人民生活在一定的区域内，有着一定的生活和风俗习惯，他们对自己的王国产生了一种深厚的、纯朴的感情。这种共同的情感靠共同的生活方式、生活习俗和心理情感维系着，从而萌生一种凝聚力和向心力，构成反秦情绪的原始动力，并与各国文化牢固结合。作为各国文化承载者的博士，必然携带这种文化因子。诚如李斯所言“人各善其私学，以非上之所建立……私学而相与非教，人闻令下，则各以其学议之”。诸家博士的活跃局面，引起了秦统治阶层的疑虑。
此外，博士制度在秦朝行政管理体制中的建立，诱发了一系列的矛盾冲突，主要表现为博士所持百家文化尤其是儒家文化与法家文化的冲突、军功官僚与博士文官的矛盾以及秦国与东方六国本身固有的矛盾。因此，博士在秦朝野内外处于孤立和敌对的位置。而且，这些因博士制度而引发的矛盾破坏了法家政治文化中君尊臣抑、绝对不可能产生君臣异义的传统。况且淳于越极力主张“师古”、“分封”，是对秦政治传统的彻底否定。秦制，凡宗室或有军功者，均可得到赐爵、赐地、赐官等奖赏，不分封。“秦兼天下，建皇帝之号，立进官之职”，也未曾师古。因此，淳于越的主张，触动了秦始皇对战国分裂割据状况的担忧，引发了他对分封思想和倾向的反感。他或许认为，博士们主张师古、分封，是为了谋求六国复立。这是他坚决不能允许的。在这种情况下，李斯的言论立即获得了他的首肯。他试图通过“焚书”的方式消解被兼并王国人民的“准国家意识”，以强力推进文化统一进程，维护全国统一局面和秦朝的统治。
“焚书”事件，标志着秦朝政治的再度转折，行政决策体制复归单一法家文化模式。
秦朝政治的再度转折，也存在外部的原因。自秦始皇三十二年(前216年)起，秦又发动了对匈奴和南越的战争。战国时法家文化在秦国独尊，很重要的原因就是秦国对外不间断战争的需要。这次由于战争的爆发，秦朝部分地恢复战时体制，从而又为法家文化主导地位的回归创建了良好的外部环境。自此后，“丞相诸大臣皆受成事，倚办于上”，而“博士特备员勿用”。博士制度的运作和功能受到极大限制。所以，单一法家行政决策模式的复立，是博士制度职能受抑的根本原因，纵观秦朝的两次政治转折，乃是以法家文化命运为主线的。秦始皇初定天下，进行新的统治政策尝试，法家文化独尊地位受到削弱;而其地位的恢复，则标志着秦始皇新统治政策的破产。新的统治政策的置而即废，其深层原因无非是秦与东方六国隔阂太久，积怨太深，而不能建立深厚长久的相互信任关系，这其中东方六国历史上形成的独立的反秦情感实体---准国家的凝聚力和向心力又起了不可估量的催化作用。因为故秦国单一法家政治文化的统治模式不能适应统一后新的政治形势，所以这也是秦朝速亡原因之一。
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