表达关注，中国医科大学某主任论文被质疑一月余尚未回复

这篇论文来自2021年发表的Progress in Neurobiology期刊，主要由Lin Qin, Chong Qiao, Volney Sheen, Yu Wang, Jie Lu共同完成，一个多月前论文因数据、图片重复等问题被质疑

论文信息

• 标题：DNMT3L promotes neural differentiation by enhancing STAT1 and STAT3 phosphorylation independent of DNA methylation

• 作者：Lin Qin, Chong Qiao, Volney Sheen, Yu Wang, Jie Lu

• 期刊：Prog Neurobiol

• DOI：10.1016/j.pneurobio.2021.102028

• 发表日期：2021 Jun

质疑内容

我对这一关键动物模型的表征和验证有着严重的担忧。在“材料和方法”部分（4.2.在小鼠中Dnmt 31条件性敲除的产生）中，您描述了产生具有通过CRISPR/Cas9靶向ROSA 26基因座的“CAG-loxP-终止码-loxP-小鼠Dnmt 31 CDS-polyA”盒的小鼠。然后将这些小鼠与Emx 1-cremice交配以实现皮质特异性Dnmt 31过表达（Dnmt 3l-KI）。手稿指出：“通过qRT-PCR（表S1中的引物）和Western印迹分析证实了Dnmt 3l的RNA和蛋白表达。该小鼠的详细表型特征将在另一篇论文中发表。“我主要担心的是，确认Dnmt 3l-KI小鼠中成功生成和特异性过表达的基本验证数据在目前的手稿中明显缺失。 对于一项体内结论取决于这种新模型的研究，缺乏这种基础数据是一个主要的方法学缺陷。具体而言：缺乏介绍：虽然方法陈述进行了确认，但结果部分没有呈现实际的qRT-PCR和蛋白质印迹数据，其证明与Emx 1-cre对照相比，Dnmt 31-KI小鼠脑中Dnmt 31的据称“约150倍”mRNA和“1.5倍”蛋白质水平增加（如图7A、B的文本中所述）。参考的图（图7A、B）似乎不包含这些验证印迹或图。关键遗漏：如果不显示这些数据，读者就无法评价：基因工程是否成功，转基因是否按预期表达。靶脑区域中Dnmt 3l过表达的实际幅度和特异性。解释所有后续体内表型的基线（图6、7、S7）。 Dnmt 3l-KI和对照小鼠之间的比较得出的结论完全取决于Dnmt 3l-KI小鼠具有所声称的遗传改变和过表达的前提。关于详细描述“将在另一篇论文中发表”的声明对目前的手稿来说是不够的。最小验证数据（qRT-PCR和Western印迹确认基因型和过表达）是在本研究中建立模型有效性的基本要求。因此，我恭敬地请求您提供缺失的验证数据。请提供：显示Dnmt 3l-KI与Emx 1-cre对照小鼠皮质中Dnmt 3l mRNA水平的qRT-PCR结果（带统计分析）。代表性的蛋白质印迹图像和定量证实了Dnmt 3l-KI小鼠脑裂解物中Dnmt 3l蛋白水平的增加。 提供这些数据对于科学界评估论文中提出的体内研究结果的稳健性至关重要。

我已经审查了您在Progress in Neurobiology（2021 Jun;201：102028）上发表的论文中的数字，并确定了有关数据呈现中潜在图像重复和不一致的几个问题。我希望你能澄清以下几点：

关于图4A和图3C：蓝框内的DNMT 3L和GAPDH印迹图像在这两个图之间似乎是相同的，然而相关的定量数据（红框）显示统计学显著差异（例如，~1200 vs. ~1600）。这引发了关于潜在图像错误标记或数据不匹配的问题。o您能否确认图4A中的图像与其相应的定量数据正确配对，图3C也是如此？如果图像确实相同，则靶标和上样对照的条带强度应相同，从而导致一致的相对定量。如何解释报告的百分比的显著差异？是否存在不同的参数设置（例如，背景校正，测量区域）在这两个图的密度分析过程中使用了什么？提供原始的、未裁剪的印迹图像和分析记录将有助于澄清这一差异。

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   关于补充图1B、1D和1 E：补充图1B和图1D中以及补充图1B和图1 E之间的GAPDH上样对照带（用绿色框标记的区域）看起来高度相似或相同，但它们表示为代表不同的实验条件/样品。你能解释一下这种重复吗？

关于图4和补充图2C：图4中的DNMT 3L和补充图2C中的GAPDH的条带模式（由绿色框标记的区域）在布局和形态上看起来惊人地相似，但它们表示完全不同的蛋白质。你能解释一下这种相似性吗？

上述问题，特别是代表不同实验或蛋白质的图像片段的明显重复，严重影响了所呈现数据的解释和可靠性。我认为，透明地处理这些问题对科学记录至关重要。

感谢您对这些问题的关注。我期待您的回复。