Nature：你的肠道里住着“好细菌”还是“坏细菌”？人类肠道微生物健康排名来了！

撰文丨王聪

编辑丨王多鱼

排版丨水成文

心血管代谢疾病（CMD）给全球医疗保健系统带来了沉重负担，其中最常见的是心血管疾病（CVD）和2 型糖尿病（T2D），它们与过去几十年来高热量、高风险加工食品消费量的增加有关。

不良饮食习惯和人类肠道微生物组（gut microbiome）都与心血管代谢疾病（CMD）有关。饮食模式的变化会改变微生物组的物种水平组成，从而对宿主健康产生连锁反应。然而，个体对饮食干预的反应各不相同，精准营养旨在识别调节饮食与宿主健康之间相互作用的宿主特异性因素，但目前尚无法区分饮食通过微生物组改善心血管代谢健康的效应。此外，肠道微生物组的组成因不同的人口统计学特征、种族、性别和年龄而表现出高度的个体差异和变化，因此，定义或识别健康肠道微生物组的通用生物标志物，一直很困难。

2025 年 12 月 10 日，意大利特伦托大学的研究人员在国际顶尖学术期刊Nature上发表了题为：Gut micro-organisms associated with health, nutrition and dietary interventions 的研究论文。

该研究通过对超过 34000 人的肠道微生物进行深入分析，首次建立了一套全面的肠道微生物健康评价体系——“2025 ZOE 微生物健康排名”，用于与人类健康指标最有利和最不利的肠道微生物，这些肠道微生物排名与体重指数（BMI）和人体疾病状况之间存在强烈且可重复的关联。两项饮食干预临床试验显示，有利排名肠道微生物随着饮食干预，其丰度和流行率增加，而不利排名的肠道微生物则减少。

这项研究为饮食和肠道微生物群与健康指标之间的关联提供了有力支持，而该排名系统可用于为未来的因果和机制研究提供依据。

为何关注肠道微生物？

心血管疾病（CVD）和2 型糖尿病（T2D）等心血管代谢疾病（CMD）已成为全球范围内的主要健康负担。除了遗传因素和不良饮食习惯，科学家们逐渐将目光投向了一个新的领域——人类肠道微生物组。

肠道微生物被视为连接饮食与健康的关键桥梁。它就像一个“化工厂”，能够将我们摄入的食物转化为各种代谢产物，从而影响宿主的生理状态。然而，由于肠道微生物具有高度的个体差异性，受年龄、性别、地域、饮食习惯等多种因素影响，定义一套普适的“健康肠道微生物”标准，一直是个巨大挑战。

3.4 万人数据绘就“微生物健康地图”

为了攻克这一难题，研究团队整合了五个大型队列（统称为 ZOE PREDICT 研究）的数据，共包含 34694 名参与者。研究团队收集了每个人的肠道微生物样本（通过宏基因组测序）、详细的饮食记录、以及一系列健康指标（包括体重指数、血糖、胆固醇、炎症标志物等）。

通过机器学习模型分析，研究团队发现，肠道微生物的组成能够相当准确地预测一个人的多项健康指标，例如血糖、胆固醇水平、健康饮食指数等。这表明，肠道微生物与我们的健康状态存在着强烈且稳定的关联。

ZOE PREDICT 研究

那么，究竟是哪些肠道微生物物种在其中发挥着关键作用呢？

“ZOE 微生物组健康排名”出炉，好坏细菌一目了然

研究团队从检测到的肠道微生物物种中，筛选出 661 个常见的物种级基因组箱（SGB），并根据它们与 37 项健康标志物的关联程度，进行了系统性排名。排名越接近于 0，表示该物种与健康指标的正向关联越强（即“好细菌”）；排名越接近 1，则表示负向关联越强（即“坏细菌”）。这就是“2025 ZOE 微生物组健康排名”。

研究结果揭示了一些非常有意思的规律：

1、“好细菌”大多未知：在排名最靠前的 50 种“好细菌”中，有 22 种是尚未被培养的未知物种，另外 24 种虽已知但功能未明。这凸显了我们对肠道有益菌的认知还存在巨大空白。已知的“好细菌”，例如

Faecalibacterium prausnitzii

2、“坏细菌”多为熟面孔：相反，排名最靠后的 50 种“坏细菌”，大多已有明确命名和研究，例如活泼瘤胃球菌（

Ruminococcus gnavus

实践验证：排名系统能预测肥胖和疾病吗？

这套“2025 ZOE 微生物组健康排名”系统不仅是一个理论工具，更经过了严格的实践检验。

1、与体重指数（BMI）显著相关

研究团队发现，排名靠前的“好细菌”在体重指数（BMI）正常的人群中丰度更高，而排名靠前的“坏细菌”则在肥胖人群的肠道中更占优势。通过对另外 27 个公共队列（涵盖 5348人）的荟萃分析证实，健康体重的人比肥胖者平均多携带 5 种“好细菌”，而肥胖者则比健康体重者多携带 2 种“坏细菌”。

2、在疾病人群中得到印证

研究团队进一步分析了包括结直肠癌、炎症性肠病、2 型糖尿病等在内的 25 种疾病的公开研究数据（共 4816 个样本）。结果发现，健康对照群体肠道中“好细菌”的数量和总丰度显著高于患病群体，而“坏细菌”则恰恰相反。这表明，人体肠道微生物的失衡是多种疾病的共同特征。

希望之光：饮食干预可有效改善肠道菌群

最令人振奋的发现，来自于两项饮食干预临床试验（ZOE METHOD 和 ZOE BIOME 研究，共 746 人）。研究发现，通过个性化的饮食方案或补充特定的益生元，参与者的肠道中“好细菌”（例如一些产丁酸菌）的丰度显著增加，而“坏细菌”的丰度则明显下降。

更重要的是，这些在干预中“茁壮成长”的细菌，正是“2025 ZOE 微生物组健康排名”中靠前的“好细菌”；而那些被“压制”的细菌，也正是排名靠后的“坏细菌”。这强有力地证明了，通过合理的饮食干预，我们可以有方向性地塑造肠道菌群，使其向更健康的状态转变。

总结与展望：迈向精准营养的新时代

这项研究的意义重大：

• 提供了“地图”：该研究首次在大规模人群中建立了一套可量化的肠道微生物健康评价体系，为科研和未来的临床应用提供了重要工具。

• 指明了方向：该研究确认了许多尚未被充分认知的“好细菌”，为未来开发新的益生菌或疗法指明了方向。

• 证实了可行性：该研究通过饮食干预试验，证明了通过改变饮食来优化肠道菌群是可行且有效的，为通过“饮食”来管理健康提供了坚实科学依据。

这项研究提示我们，进一步探索特定食物与特定肠道微生物及其健康效应的直接联系，有望最终实现真正的 “精准营养”——根据每个人的肠道菌群特征，量身定制最有效的饮食方案。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-025-09854-7