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简单来说， miRNA 与 siRNA 和 shRNA 都有着密切的关联，不过介绍他们之前我们需要先了解下 RNA 干扰（RNAi）技术。
RNA 干涉 (RNAinterference，RNAi) 是有效抑制目标基因表达的过程，指内源性或外源性双链 RNA（dsRNA）介导的细胞内 mRNA 发生特异性降解，从而导致靶基因的表达沉默，产生相应的功能表型缺失的现象。
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而在 RNAi 途径的基因沉默中具有实质利害关系的是 siRNA 和 shRNA。虽然他们两个都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。
1. siRNAs 是短的 RNA 双链，在 3‘ 端有两个碱基的游离。
2. shRNA 由正义链和反义链通过环状序列（loop）隔开共同组成。
3. shRNA 构建用于插入表达载体（如慢病毒载体）。
同时，SiRNA 可参与的实验也不胜枚举
而通过与 miRNA 的加工相同的 RNAi 机制， shRNA 被加工成 siRNA。
miRNA 与 siRNA 之间有许多相同之处：
1.二者的长度都约在 22nt 左右。
2.二者都依赖 Dicer 酶的加工，是 Dicer 的产物，所以具有 Dicer 产物的特点。
3.二者生成都需要 Argonaute 家族蛋白存在。
4.二者都是 RISC 组分，所以其功能界限变得不清晰，如二者在介导沉默机制上有重叠。
5. miRNA 和 siRNA 合成都是由双链的 RNA 或 RNA 前体形成的。
而 miRNA 与 siRNA 的不同点 ：
1.根本区别是 miRNA 是内源的，是生物体的固有因素；而 siRNA 是人工体外合成的，通过转染进入人体内，是 RNA 干涉的中间产物。
2.结构上，miRNA 是单链 RNA ，而 siRNA 是双链 RNA。
3.Dicer 酶对二者的加工过程不同，miRNA 是不对称加工，miRNA 仅是剪切 pre-miRNA 的一个侧臂，其他部分降解；而 siRNA 对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。
4.在作用位置上，miRNA 主要作用于靶标基因 3′-UTR 区，而 siRNA 可作用于 mRNA 的任何部位。
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