元至正十六年（公元1356年）三月，朱元璋率军渡江攻占集庆路，下令改为应天府，暂住在当地富户家里，不久被小明王封为江南行省平章政事。
七月，朱元璋在元朝的江南行御史台设立江南行中书省，从此在这里办公、生活。
元至正二十四年（公元1364年）正月，朱元璋在应天府自称吴王。
元至正二十六年（公元1366年）八月初一，朱元璋下令营建吴王新宫，此时朱元璋军队已经攻取了张士诚占据的淮东各地，正要进攻张士诚的浙西地区。
吴国公府低矮狭窄，已经无法适应朱元璋称王后的需要了。
如果在旧城的基础上改造，不仅拆迁工程量很大，而且旧城的位置也不太理想，西北沿江地带容易遭受攻击，“西北控大江，东进白下门”（《明太祖实录》），距离钟山比较远。
朱元璋于是令通晓天文地理的刘伯温负责选址，最终选定在钟山南面、应天旧城东面的一块空地；同时，在旧城东面白下门之外约二里的地方增筑新城，将新宫包围在里面，充分利用钟山的险要地势保障应天城的安全，“东北尽钟山之趾，延亘周回凡五十余里，规制雄壮，尽据山川之胜焉”（《明太祖实录》）。
选定的宫城位置原是燕雀湖所在地；刘伯温认为，燕雀湖是钟山的龙头所在，有“帝王之气”。
朱元璋下令征调民工，填塞燕雀湖的大部分。
元至正二十六年（公元1366年）十二月，小明王去世，朱元璋决定以次年为吴元年，不再使用龙凤年号，而以“奉天承运，吴王圣旨”的名义发布命令。
朱元璋接受群臣建议，下令建造宗庙、社稷坛、宫殿，“有司营建庙社，立宫室”（《明太祖实录》）。
主管营造的官员把宫殿设计图呈给朱元璋看，朱元璋把雕琢奇丽的地方去掉，告诉中书省官员，宫殿坚固即可，无需雕琢巧饰。
元至正二十七年（公元1367年）二月，应天城扩建工程完工。
八月，圜丘、方丘、社稷坛建成。
圜丘是帝王举行冬至祭天大典的地方，仿照汉制建造，在京城东南，正阳门外，钟山南面。
方丘是祭地神的地方，建在太平门外，钟山北面。
社稷坛，是祭祀土地神、五谷神的场所，建在宫城的西南。
九月，太庙、新宫殿落成，前朝内廷的建筑都很简朴，“制皆朴素，不为雕饰”（《明太祖实录》），符合朱元璋的旨意。
宫城有四座门，南门称为午门，东门称为东华门，西门称为西华门、北门称为玄武门。
从午门进入，过内五龙桥，便来到奉天门。奉天殿是正殿，在奉天门内。奉天殿后面是华盖殿，华盖殿后面是谨身殿。
文楼、武楼分布在奉天殿两侧。
奉天殿、华盖殿、谨身殿是前朝之所在。
从谨身殿再往里走，便进入内廷，依次来到乾清宫、坤宁宫，东西六宫分布在两侧。
整座宫城的格局遵循传统礼制，呈正方形，中轴对称，奉天殿、华盖殿、谨身殿、乾清宫、坤宁宫在从午门到玄武门的中轴线上，文武官署等建筑对称排列在两侧。
吴王新宫奠定了明朝皇宫的基本格局，乾清宫、坤宁宫、午门、东华门、西华门、玄武门等名称一直沿用至今。
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