旧时每逢药王圣诞，从医市药者均毕集药王庙殷勤祝祷，以祈医道精进，药理深明。百姓人等亦毕集祈求，以祈合家延年，百病消散。
《集说诊真》有载：“四月二十八日为药王生日，医生备分烧香，骈集于三皇庙，又有药王庙，诞日药市中人击牲设醴以祝嘏。” 对药王的祭祀，元代始有具体的规定。
元成宗命郡国通祀三皇如宣圣释典礼，以医师主之。明永乐间，别建三皇庙，十医从祀以医官主之，为万世医药之祖。清顺治元年（l644年）定祭先医，先神之礼（即祀三皇）。祭祀医药神灵的庙堂，古代同时也是医道修习之所。
《续文献通考·群庙》就说：“内有三皇并历代名医像，刻针灸经于石，其碑之题篆则宋仁宗御书，元世祖至元间自汴移此。吴澄宜黄县三皇庙记曰：医有学、学有庙、庙以祀三皇，肇自皇天前此未有也。”可见药王庙曾是岐黄之道的重要学习场所。
尝百草治药材以医民疾的伏羲；病正四百，药正三百六十有五，爰著《本草》的神农；咨于岐黄作《内经》，著之玉版的黄帝，合称为三皇。而药王据《搜神记·神考》说有三：其一是扁鹊，姓秦名越人，渤海郡邦人，少时为里舍长；其二为唐孙思邈，号真人，京兆华原人；其三是韦昌慈藏，又名古，字老师，疏勒国人。据说孙思邈曾医龙子，于龙宫得到《千金方》，韦慈藏则左持一丸，右蹲黑犬。
《古今图书集成·神异典》曾记有北京天坛之北药王庙供祀神灵的情况：其内供有三皇左孙思邈、右韦慈藏。侧十名医：三皇时岐伯、雷公，秦扁鹊，汉淳于意、张仲景，魏华佗，晋王叔和、皇甫谧、葛洪，唐李景和。形象儒道服饰不一。由此可见，道教对药王的信仰，表面看只是对几个具体人物的膜拜，实际上是对我国上古至今涌现出来的众多立功立德的医药圣贤的信仰。
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