慈航法师1895年八月初七出生于福建省建宁县，1912年，到邻邑泰宁县的峨眉峰，礼自忠和尚为师，剃度出家。初出家之年，随师礼佛诵经，翌年秋间，往江西九江能仁寺受具足戒。受戒后的慈航，曾学禅于圆瑛法师，听经于谛闲法师，学净于度厄老和尚。
1927年，慈航法师以33岁之龄入学厦门南普陀寺的“闽南佛学院”，这时太虚大师以南普陀寺住持兼佛学院院长，可惜前后不到半年便因学潮牵连退学，他从太虚大师受教的日子并不多，但由于1939、1940年间，他参加佛教访问团，随大师访问印度、锡兰及南洋各国，所以一般都视他为太虚大师的门下，他本人也以大师弟子自居。
1947年3月，太虚大师在上海玉佛寺圆寂，太虚大师逝世后，中国佛教的整理工作无形中停顿下来，而大师一生致力的佛教改革运动也无人再提。所以在大师逝世那一年的夏天，慈航法师印了一份“中国佛教革命的呼声”的小刊物，寄给国内各寺院，呼吁丛林寺院兴办佛学院，举办各种社会、文化、慈善事业。他并呼吁僧青年起来革命，为中国佛教前途而努力。
1948年秋天，慈航法师应中坜圆光寺妙果和 慈航法师肉身圣像 尚之请，来台办“台湾佛学院”，佛学院只办了半年就结束。后来由汐止静修禅院住持兴建“弥勒内院”，迎他去驻锡，并继续授课。在那段时间，“弥勒内院”成了台湾的佛学教学中心。
1953年的旧历除夕，慈航法师对弟子们说：“我的旧舍（指色身）已坏，要换新舍，我明年2、3月不走，最迟3、4月就要走。”他并嘱咐各人，不要把消息传出去。果然到第二年旧历四月初四（1954年5月6日），慈航法师以脑溢血示寂。
他寂后坐缸，面目如生，俨然老僧入定；封缸后，安葬在后山基塔。5年之后，在1959年5月19日，弟子们开缸检视，发现他肉身不坏，袈裟完好，面呈紫色，眼睛发亮，耳鼻口俱全，唇尚软，并长出稀疏的头发和髭须，眉毛亦长了许多。后来经装金后，迎归于弥勒内院安座供养——成为台湾第一尊肉身菩萨。
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