搞基因集分析的快存！这个免费数据库直接把分析效率拉满

做基因功能解析、挖疾病机制或者找治疗靶点的小伙伴，是不是总被俩问题难住：要么能拿到的扰动数据太少，要么分析工具不够灵活，想找关键调控因子没头绪？2025年10月，Nucleic Acids Research杂志上线GPSAdb 2.0数据库，直接把这些痛点全解决了，关键还免费无注册，打开就能用！

https:// www.gpsadb.com/

先说数据——GPSAdb 2.0 扩容力度是真的大。比 1.0 版本翻了好几倍：扰动组从 3048 组涨到 7665 组，样本量从 15794 个扩到 42235 个，能研究的扰动基因从 1421 个增加到 2810 个，覆盖的细胞系也从 502 种多到 1063 种。不管你是做基础的基因功能实验，还是针对特定疾病的细胞模型研究，这么全的数据量，再也不用愁 “数据不够用” 或者 “结果没法跨实验验证” 了。

并且该网站支持科研工作者对于每组数据的自由探索。

本次网站更新了两个新增的工具，直接把“分析难” 的坎儿平了。

第一个是BioTrigger，如果果友研究铁死亡、化疗耐药或者免疫治疗敏感性这些方向，想找能调控对应通路的基因，用它就对了。上传自己的自定义基因集，它能自动扫遍数据库里 7000 多组扰动数据，通过 GSEA 算富集得分，精准找出哪些基因能 “触发” 这个通路。而且它还支持同时用两个基因集分析 —— 比如研究病毒模拟的时候，把 “IFN 激活” 和 “细胞周期抑制” 这俩相关的基因集放一起，复杂的调控关系一下子就理清楚了，比自己一点点筛数据快太多。

第二个工具是fastGPSA。你只要上传差异表达的 log2FC 表，它会自动拆分上下调基因，算一个 “G-score”，帮你找到和你的扰动相似或者拮抗的事件。还能生成 Rank 图、GPSAPlot 这些可视化结果，后续写文章、复现结果都省事。

作者团队在更新这个网站的时候，以MCF7 细胞 ESR1 敲降数据为例子，发现了全新的上游调控因子 OVOL2，并且用实验证明了结果的可靠性。

其实不管你做哪个方向，这数据库都能派上用场：

1）做基因功能研究：想知道某个基因敲降后会影响哪些通路？直接在数据库里查对应的预处理结果，DE、GSEA 数据都现成的，不用自己从头分析；

2）挖疾病机制：比如通过差异分析得到一个基因list，用 BioTrigger 上传相关的基因集，能快速定位关键调控因子，理清通路网络；

3）筛治疗靶点：上传疾病样本的差异表达数据，用 fastGPSA 找能逆转病理表型的扰动基因，直接缩小候选范围。

赶紧转发给实验室伙伴，一起用它省出更多做实验的时间！