因为年代久远，在某些地方，查士丁尼时代存世的文献材料相对较多，但是在其他地区，这样的文献是稀少、甚至是不存在的。普罗柯比或者埃瓦格里乌斯对君士坦丁堡和安条克这样大城市疫病流行情况的描述可能不适用于巴勒斯坦和阿拉伯这样的边远行省，这两个地区既缺乏足够规模的城市也没有作品留存至今的记述者。而且，即使在某一个相同的地区，大瘟疫对人口密集区域（比如城市或军营）的影响也可能不同于其在本地农村和流动人口中的影响。
虽然一般而言，文献资料总是可以为研究查士丁尼大瘟疫提供最有价值的信息来源，但是那些来自帝国其它部分、与考古学相关的证据也不容忽视，这些信息可以从另一个侧面帮助研究者更详细地了解大瘟疫带来的影响——当假定查士丁尼大瘟疫可能不会以同样的方式影响帝国全境时，这样的信息是极具价值的。
借助当代学者们的不懈努力，我们可以获得更多关于查士丁尼大瘟疫可能造成的影响的间接证据。在金石学领域，通过研究公元四世纪至七世纪的碑文，研究人员发现了一个出人意料的情况：尽管总体来看，查士丁尼皇帝统治时期巴勒斯坦和阿拉伯行省保存下来各类碑文的相当多，不过在公元540年至550年这段时期内，碑文的数量却出现了明显的下降趋势、这种表象并不具备决定性——要知道有太多的因素可以影响这一结果，但归因于该地区爆发的瘟疫无疑是一个相对合理的假设。
耶路撒冷以色列博物馆的南希·本诺维茨针对大瘟疫前后巴勒斯坦和阿拉伯两个东罗马帝国行省的可以搜寻到的墓志铭进行了详细研究，这些最新的考古材料和数据可以为我们提供极具价值的信息。南希认为，作为一种对死者的纪念，墓志铭的写作习惯、选择纪念方式以及具体内容都能在各种方面反映一个社会的丧葬习俗和文化，其重要性并不亚于埋葬方式和相关的葬礼仪式。
不过应当注意的是，墓志铭本身也具备一些局限性，考虑到查士丁尼统治时期铭文保存至今的数量相对其实际的总数，使得仅仅依靠墓志铭无法得出任何可靠的死亡率估计值。大量存在的非正常死亡也会使得为每一个人撰写墓志铭成为一件不可能完成的事情，这种现象也被很多大瘟疫的亲历者记录在他们的作品中：“后来到处都是一片混乱无序了……挖沟的那些人在再也赶不上死者的人数，于是他们便登上叙卡伊的工事塔楼，掀掉那里的屋顶，然后把尸体乱七八糟地抛进去……实际上把所有塔楼都用尸体填满，然后再把屋顶封上”。
同样，以弗所的约翰亦记录了查士丁尼皇帝命令在加拉塔挖掘集体墓穴约翰甚至声称君士坦丁堡的许多尸体都被抛进海里，而普罗柯比也记载了尸体被堆在小船上令其随波逐流这一情况。君士坦丁堡的公共服务和社会救济体系应当是帝国境内最为完善的，首都尚且如此，耶路撒冷和巴勒斯坦地区的城市在处理尸体这一紧迫的问题上必定也会遇到相当大的困难。如此看来，由于各种应急的处理手段（如集体埋葬等），查士丁尼大瘟疫的死亡率无法从表面数据中体现出来是完全可能的。
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