1979年伊朗爆发了，伊斯兰革命。在宗教领袖霍梅尼的领导下推翻了巴列维王朝。这个虽然是君主制的王朝但是却相当的开放与西方也很友好。巴列维王朝被最终推翻以后伊朗新建了伊斯兰共和国实行政教合一的体制。此后中东失去了一个世俗化的强国，而建立起了一种宗教领袖为核心的宗教神权国家。因为当初霍梅尼革命有功，伊朗人民推举为最高的精神领袖。在伊朗伊斯兰共和国的宪法中领袖是国家的最高领导人，不论是武装军队还是立法司法行政外交都是处于精神领袖的领导之下，是国家的实际领袖，真正的总统。
当然对于政教合一的国家而言，总统与宗教领袖的分工与正常国家并不相同。从任期而言，伊朗的总统任期也是四年，与欧美各国相似。而精神领袖则是终身制，表面上伊朗所实行的总统制可以管理国家的日常事务，但是一些主要问题涉及到国家未来发展的原则问题上的时候，精神领袖起到主导地位。在伊朗总统的选举也通常被精神领袖所掌握。只有通过精神领袖的正式任命才能宣布就职。不仅仅是总统，所属的内阁也需要精神领袖的任命。总统实际上只是个副职。整个中央政权的实际权力实际都掌握在精神领袖的手里。只不过精神领袖不直接参与国家管理。
但如果国家发生特殊事件，精神领袖可以在短时间内通过人员任命的方式，将国家的一切权力集中与自己的手中。宗教领袖和总统一个是宗教的首领，一个是行政首领。在霍梅尼时代宗教领袖是国家至高无上的统治者，总统则负责下属的具体事物两者相安无事。而1989年，霍梅尼去世之后这个仅仅成立十年的伊朗共和国出现了权力真空和争夺当时拉夫桑贾尼，当任着伊朗军队总司令是一个实权派，他也想获得总统的宝座。于是便主动推举了哈梅内伊为领袖。而自己则担任二把手的总统这样两个人的联合迅速稳定了伊朗的局势镇压了反对势力。
至于这个人为什么不自己当领袖，可能我们更要考虑当时伊朗的国内局势。当然，这种事情很复杂，作为一个非伊朗国民的我们可能并不知晓。但至少此时宗教领袖和总统已经没有绝对的从属关系，因为两者是一种政治同盟。而这种二元化的政治统治格局也使内部出现了一些小摩擦。首先总统拉夫桑贾尼是改革派，他的观点比较开放。他希望对国家进行改革，扩大私有化发展市场经济加强与西方对话。减少输出所谓的革命，但是宗教领袖哈梅内伊则较为保守，他主张伊斯兰革命政权在经济上要保持主导地位，并且对军队和基金会进行强有力的掌控，并继续输出伊斯兰革命不惜与西方相对抗。
最终在内斗中拉夫桑贾尼失败被迫淡出政局。但是他依然有强大的政治影响力，依然支持国内的改革派。改革与保守两派一直争斗不断。直到2005年内贾德上台。在经历了革命和之后的内斗，伊朗国家的权利已经巩固。精神领袖相对于总统有绝对的权利优势。总统最终只是一个行政职位，没有多大的权利，只是处理国家的日常事务。
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