瓦尔特公司在1988年推出了P88 9mm手枪，但可惜流行不起来。在1994年，瓦尔特公司以P88为基础重新设计一种适合平民自卫或执法人员使用的半自动手枪，并吸收了市场上许多新产品的研究成果，如聚合物制成的整体式底把。
瓦尔特的新手枪在1996年对外公开，并命名为P99自动手枪。最早公布的P99是发射9×19mm派拉贝鲁姆手枪弹，在1998年又推出了.40 S&W口径的P99。针对意大利的民用市场禁止拥有了9×19mm口径的规定，瓦尔特公司还专门提供了9×21 IMI口径的P99。
P99手枪是瓦尔特公司第一支采用没有击锤的击针式击发机构的手枪，枪管短后坐自动方式，枪管偏移式闭锁机构。P99手枪金属部件表面进行了特殊的特尼佛或镀铬处理，提高了其表面硬度和耐磨性能。
P99采用枪管短后坐原理，其设计是仿照数十年前SIG Sauer P220手枪上的改进的勃朗宁式闭锁机构，通过底把内一块闭锁卡铁与枪管尾部下方的一个斜槽作用使枪管上下摆动而实现开锁和闭锁。瓦尔特公司最早是在P88手枪上使用这种结构，现在又移植到P99手枪上。由于聘请了奥地利格洛克公司的设计师，因此P99在设计特点多少有点GLOCK手枪的影子。
待击解脱杆和弹匣扣与手枪外形融为一体。待击解脱杆位于套筒左后方，外表面与套筒平齐，无突起。弹匣扣位于扳机护圈和握把的连接处，可避免无意扣动弹匣扣而使弹匣跌落的现象发生。弹匣扣双面设置，对于左手或右手使用者来说，操作起来一样容易。
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