明代中期，闽、浙沿海一带海寇猖獗，东南沿海城市大受侵扰。朱纨奉命出镇海疆，沉重打击了寇贼，曾一度使得“海中为之肃清”。但是，这位亢直廉洁的军事家和民族英雄，最后却遭到弹劾而被迫自杀，含恨于九泉。
朱纨做事干练，擅长用兵，嘉靖二十五年（1546），朱纨升任为右副都御史，巡抚南赣。不久，东南沿海的浙江、福建两省因临海，受到倭寇的严重袭扰。因此，浙江巡按御史杨九泽上疏朝廷，建议设置一名巡视大臣，同时统率两省军事，总体负责剿倭的军事行动。
嘉靖二十六年（1547）七月，朝廷接受了这一建议，调朱纨巡抚浙江，同时提督福州、兴化、漳州、泉州、建宁五府军务。
朱纨到了浙江上任以后，进行了一系列的军事改革，同时对民用船只做了严格的规定。刚开始的时候，朱纨曾想以剿抚并用的策略消除海患，但是由于倭寇侵略的加剧，朱纨不久便转而一意施用武力剿杀海寇。
朱纨坚持海禁，以武力痛击海寇，给海寇和通番势力以致命的打击，扭转了东南局势。然而，朱纨自身的处境却随之日益艰难，功败于垂成。
朱纨自从踏上浙江土地的第一天起，他就遇到了难以对付的一种力量---地方势力。
浙江、福建沿海一带的一些居民冒禁出洋通番市场，逐渐形成了一支亦商亦盗的走私力量。众多沿海“乡官”参与其中，地方豪门多与倭寇相勾结，豪门中相当一部分直接参与海上走私贸易，这股势力甚至在朝廷中都有支持者。
于是，浙江、福建的地方势力和朝廷中的大臣串通一气，开始反对朱纨的铁腕反倭。在朝大臣首先对朱纨发难的巡按御史、福建籍人周亮与给事中叶镗。
嘉靖二十八年（1549）二月，他们上疏说，朱纨是浙江巡抚，而又兼管福建海防，但实际上却没有显著的效果，请求朝廷改任巡抚为巡视，实际上是企图以此削夺朱纨的权力。昏庸的世宗竟不究其事实，加以批准。
而后，浙江籍的左都御史陈九德又借朱纨在走马溪生擒李光头等96人，就地便宜斩首一事，弹劾他“擅专刑戮”，随意滥杀，要求朝廷对他进行查处。世宗仍是黑白不分，听信谗言，于四月份罢免了朱纨的职务，让他回家等待调查。
朱纨接到圣旨以后，万分失望，他深有感触地说：“去外国盗易，去中国盗难，去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠之盗尤难。”
给事中杜汝祯奉命来到福建，会同巡按御史审查朱纨的案子，他们根本没有深入调查，只是在当地士绅中简单地进行了一下了解。
嘉靖二十九年（1550），杜汝祯等查完结案，上奏说朱纨专擅刑杀，罪当论死。兵部尚书丁汝夔负责对杜汝祯的判决进行复审，最后维持原判。于是，世宗进行定案，下旨以擅杀无罪的罪名处决朱纨等人。
朱纨最终被解职回乡了，那些通倭豪绅都无比庆幸，对朱纨极尽冷嘲热讽之能事。朱纨叹息说：“自古权臣都是在朝内，没有能立功在外的”。他深深知道，“纵天子不死我，大臣且死我；即大臣不死我，闽浙人必死我”。
于是，在一个暮雨萧萧的黄昏，抑郁苦闷中的朱纨饮药自杀了。自杀之前，他为自己写好了墓志铭，并作了一首绝命词：
纠邪定乱，不负天子，功成身退，不负君子。
吉凶祸福，命而已矣。命如之何，丹心青史。
一家非之，一国之非。人就无死，惟成吾是。
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