工欲善其事,必先利其器!好的工具网站可以为科研提供很大的助力。写综述有助于快速掌握该领域的最新进展;识别研究空白与趋势,为研究开题提供研究选题和方向的参考。当然,综述写作必须站在一定高度,才能做出精练总结,对争议发表深刻见解。我们可以结合既往文献和公共数据挖掘,我们梳理了一些生物网站和生信网站。
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网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
医药生物相关研究,必不可少的当然是NCBI了,基因、蛋白等生物功能信息和科学文献全都有。Gene,Genome,Nucleotide等可以查到目的基因的基本分子遗传信息,通过Protein看蛋白的生化性质,GEO数据库收录了全球研究机构提交的高通量基因表达数据,进行生物信息学分析可以从这里下载到各种基因表达信息。
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网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
PubMed文献检索工具,海量的生物医学研究论文都能从这个网站搜索下载。
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网址:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
蛋白研究必不可少的数据库,UniProt!可以查询到蛋白基本的生物学信息,比如蛋白序列和大小,蛋白在细胞中的定位和功能、结构、蛋白酶的酶活位点等等多物种蛋白质的生化信息。同时,还有肽段Blast以及序列比对等功能。
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网址:https://www.uniprot.org/
人类基因数据库GeneCards,这是可以全面查看基因相关信息的非营利性网站,而且网站是一直在积极维护的,目前更新到5.1版本,不仅有编码蛋白基因的信息,还包含有大量非编码RNA的信息。网站整合上百个网站的数据信息,提供很全面的基因信息。直接输入想了解的基因后,可以看到各个特征,如:Disorders,Domains,Drugs,Expression,Pathways等基本的基因的生物学特征。
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网址:https://www.genecards.org/
要查询蛋白在组织中的表达信息,可以使用The Human Protein Atlas网站。这一网站与UniProt有很多相似的功能,可以看蛋白基本的生化特征和基因信息,还可以从不同层面去看蛋白的表达和分布,而且有图有真相!
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网址:https://www.proteinatlas.org/
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要查询基因在染色体上的位置以及启动子、增强子等基因表达调控相关元件,可以使用UCSC网站获取。首先可以在Genome菜单下选取查询的数据库,然后输入要查询的基因名即可,简单方便。
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随后会出来下面的基因图谱,最下方还有可以勾选的各种基因特征的展示选项,看自己需求添加要看的内容,功能强大且信息全面,是了解基因表观特征及表达不可或缺的神器!
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网址:https://www.proteinatlas.org/
DepMap网站可以搜索基因、细胞系、化合物的信息。以细胞搜索为例,可以检索到细胞系的来源和基因层面的特征,还包括可能会转移的位置。对于药物的信息也比较全面,可以看在不同细胞中的作用浓度,以及不同细胞对药物的敏感度、受药物影响的基因等。
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网址:https://depmap.org/portal/
TRRUST可以查找人源和鼠源转录因子的基因调控网络,可以正向搜索也可以反向搜索,需要注意选好对应的物种。进入后可以看到具体的调控关系:转录激活还是转录抑制,还能够看到检索蛋白所涉及疾病和信号通路信息。
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网站:https://www.grnpedia.org/trrust/
以上主要是生物网站,生信网站的话,我们以前分享过,有40多个。
我们以CD73为例,做个简单的呈现。
CD73在肺癌中的表达
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CD73表达与预后
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CD73与肿瘤微环境
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