全球首个深海多组学资源平台DOO数据库正式发布！

近日，香港科技大学海洋科学系、潘乐陶气候韧性与可持续性研究中心和 南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）【简称 广州海洋实验室 】 海洋分子生态与化学生态团队在国际生物信息数据库领域顶级期刊

Nucleic Acids Research

图1 DOO数据库物种分类和覆盖情况总览

深海是地球上最庞大、也是最未被充分探索的生态系统之一，其高压、低温、黑暗、低氧和营养匮乏的极端环境对生物生存提出了巨大挑战。近年来，随着高通量测序技术的发展，深海洋生物的多组学研究取得了一系列突破性进展，揭示了它们在基因、代谢和共生机制等方面的独特适应性。然而，由于数据分散、标准不统一、缺乏专门的分析工具，深海生物的多组学资源尚未得到有效整合与挖掘。

图2 DOO数据库架构和多组学数据可视化分析模块

为了填补该空白，本研究团队人工收集并整合了68个深海动物的72个基因组资源，950个转录组、1112个宏基因组和15个单细胞转录组资源。涵盖了软体动物、环节动物、节肢动物、脊索动物、刺胞动物和棘皮动物等7个门，地理分布覆盖了冷泉、热液喷口和海山等特殊深海生境类型，并整合了1413条古生物化石记录，支持从演化生物学角度解析深海生物的环境适应策略，是目前物种覆盖最广、数据维度最为丰富的深海多组学数据平台。此外，DOO集成了基因与基因组模块（基因结构和功能注释、转录因子、泛素家族、转座子、基因家族等）、功能基因组分析模块（基因共表达网络、动态网络可视化、单细胞图谱可视化和宏基因组）和进化与比较基因组模块（深海动物间微观和宏观共线性分析、祖先核型重建和进化树构建）等强大的功能模块支持。最后，DOO通过将多维数据信息集成到定制的Jbrowse基因组浏览器，实现了多维数据的可视化和整合分析。自上线以来，DOO已有28个国家的900多次访问。

图3 bulk和单细胞转录组学数据的可视化

该研究得到了南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）（2021HJ01、HJRC2022001 和 SMSEGL24SC01）、香港科技大学潘乐陶气候韧性与可持续性研究中心（CCRS25SC01）、香港特别行政区研究资助局（RGC）、香港研究资助局杰出青年学者计划（26104824）和深圳市科技创新委员会（JCYJ20220530151207016）的资助。

• 信息来源：南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）。

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