上海
强强联合
组织芯片(TMA)+10x Visium HD 空间转录组测序
作为当下最火的科研关键词之一，“空间转录组测序”的风有没有吹到大家的愿望清单里？
今年，芯超把自己的当家产品组织芯片（TMA）与10x Visuim CytAssist空间转录组测序来了一次强强联合。利用我们的优势——可以在最小的区域放置尽可能多的样本，把空转捕获芯片的探针覆盖区榨干得一点也不剩。打破了大家以往对花一份钱只能得到一个样本的数据的固有想法，解决了想做大量样本实验但经费有限以及样本太小却无法拼片的问题，当真称得上是样本之光！
图1 组织芯片空间转录组测序操作流程
与此同时，作为最了解组织芯片的我们，适配式优化了生信分析的流程。针对组织芯片这种多样本拼片的数据，每个芯点都可以做独立式拆分。大幅度提高数据的灵活性，更能满足大家的个性化要求，细胞注释的精准度也有了质的飞跃。
图2 组织芯片定制拆点分析示意
依据以往的分析经验，相信大家做空间转录组测序时都遇到了这样的问题，spot比细胞大太多了，导致很多marker在每一个spot里都表达，只能依赖单细胞数据提高分辨率。另一个问题就是获取空间信息时只有相邻spot点的数据，很多细节都淹没在不被探针覆盖的间隙中。直到10x Visium HD数据的下机，组织芯片找到了它的“良配”！
图3 FFPE样本的Visium v2数据（左）和Visium HD数据（右）的并排比较
10x Visium HD测序，更加适配小样本空间转录组测序，探针覆盖率提升至100%，分辨率精细至2微米亚细胞水平。
图4 10x Visium HD 组织芯片测序精度
芯超生物二十年来以组织芯片为核心产品，随着科研技术的成长不断推出适配组织芯片的科研服务。以不同角度深入挖掘样本微环境特征，并通过实验与分析验证猜想。更多HD组织芯片空间转录组数据信息，欢迎关注“芯超生物学科建设”公众号，回复关键词：“空间转录组”，即可获得专属客服联系方式！祝老师们科研顺利！
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