太平军有号令：男有男行，女有女行，不得混杂。太平天国在定都南京之前，已经大规模实施了在军中曾有过试验的男女分居、设男营女馆的行军政策，一度对战争发挥了积极的效果。
需要特别说明的是，这种男女隔离的家庭与军事制度，并非是禁止男女通婚，而是在制度上要求男女之间在固定的时间、地点和场所进行交流，是一种带有宗教与政治色彩的军事组织。
客观来说，洪秀全设立的这种分隔制度，是基于战时动员模式和行军效率之下的一种家庭组织改革。太平军从广西金田出发，一路向北，所向披靡，动员民众，收纳流民，挥舞着刀枪器械攻城略地，风餐露宿，战斗力不可小觑。
那些被称为大脚蛮婆的广西妇女，构成了之后各地女馆的实际组织者。洪秀全起义之处所定的五条军纪，其中第二条就为“别男行女行”。
为了安抚和管理这支力量，采取男女分营是必要的，也有利于军队的稳定。男女分馆最严格的时候，相当严酷，令行禁止：
或有男至女馆，女至男馆，一经败露，即时斩首。
太平军中的男女，既有部分信仰上的追随者，其实大多数属于武力下的被征服者，只能随军前进。太平军攻占武汉之后：
设立男女分营，对于那些迟迟不归的人，往往鞭棰促之。
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但是，定都之后的政策更加细化了。根据洪秀全的指令，军民应该按照性别和年龄的不同分别居住，不得私自相会，也不得保有私产，全部缴入圣库，违抗者要受到相应的处罚。
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男女分居设营是圣库制度的必然。作为战略后勤队伍的妇女，基本上被编入了由杨秀清、洪宣娇等人管理的女馆。女馆中的女官，多数是广西、贵州和湖南妇女。
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洪秀全作为太平天国的理论设计者，号称：天下多男人，尽是兄弟之辈；天下多女子，尽是姊妹之群。何得存此疆彼界之私。
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但是，在管理上则必须严格控制，采取男女分别的现实方法，压抑欲望，暂时性地动员革命，使得民众一致向前。在永安建制之时，洪秀全颁布圣令：
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凡男人女人奸淫者，名为变怪，最大犯天条；
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邪淫尽是恶之魁，变怪成妖甚可哀。
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男女分居是一种清教徒般的禁欲制度，这种模式使得一家人一周只能团聚一次，其余时间都不得见面。能够想到，如果老夫老妻还则罢了，对那些血气方刚、豆蔻年华的青年人，可以说属于暴政了。无论是丈夫找妻子还是儿子找母亲：
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只宜在门首问答，相隔数步之地，声音务要响亮。
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这样的政策可以说是相当变态的。太平天国的各类社会改革政策，还包括了禁缠足、禁蓄婢、禁蓄妾、禁鸦片等措施，都有一定的进步性，粉碎了奴役着女子的家庭制度。但是男女分居，则违背了生活常理。
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尤其形成对比的是，太平天国禁止民间男女私通，天王洪秀全自己却不断选取民间秀女入宫，至少有百人之多，荒淫奢靡，行为是相当矛盾的。而其他诸王也群起效仿，失去了本应该保持的警惕之心：
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东王西王各娶十一人，南王至豫王各娶六人，高级官三人，中级二人，低级一人。
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太平天国定都不久，秩序相对安稳了下来，男女分营的政策弊端已经开始爆发，甚至有哗变的风险。1855年，洪秀全下令解散女馆，设立媒官鼓励男女婚配，才结束了男女分居这个带有强烈军事和战时色彩的家庭政策。
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清廷观察到了太平军男女分营的政策，指出了洪秀全这么做的原因：发逆别男女甚严，夫妇不能同居，盖恐贼众引家，不与力战，而设女馆，挈家同行，以系恋之。正所谓当局者迷旁观者清，其实男女分居本质上是一项军事制度，有利于提高战斗力和凝聚力，所以战时太平军广泛采用。
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