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边牧眼睛的颜色是会变化的，小时候的眼睛颜色和长大后的眼睛颜色会有所不同。一般来说，在边牧两个月左右大的时候，它们眼睛的颜色就基本固定了。
由于边牧的基因不同，它们与生俱来的眼睛颜色也不相同，例如蓝眼睛的边牧。边牧的蓝眼睛看上去非常漂亮，里面似乎有着星辰大海，然而实际上却是一种缺陷。
虹膜中色素含量多少决定了眼睛的颜色。蓝眼的边牧由于虹膜缺少色素，瞳孔随着光线的缩放会非常明显。在边牧的标准里，蓝眼除了陨石边牧允许外，非陨石色边牧出现蓝眼是失格的。
失格是什么？
失格的意思是：失去比赛资格，而不是说它失去了纯种犬的资格。这个“资格”指的是参加正规犬展的比赛资格。但是，失格的纯种犬仍然可以参加其它类型的比赛，例如敏捷性比赛和服从性比赛。
边牧蓝眼实际上是一种退化的表现，不建议拿来繁殖。大多数的蓝眼睛边牧都存在夜盲问题，并且通常还伴随有发育迟缓、行动力差等情况。即使本身可能不会表现出疾病，但是它可能隐藏着不健康的基因遗传给下一代，因此不建议进行繁育。
边牧的蓝眼有时不会真的表现出眼睛为蓝色，而是要看它们的瞳孔颜色来分辨。非蓝眼的瞳孔颜色是黄或绿，而蓝眼的瞳孔颜色是红色。
幼犬的蓝眼
所有边牧幼犬在出生时，眼睛表层会泛着一层蓝膜，从而导致眼睛看起来发蓝，它可以减少光线，保护幼犬的眼睛，这种并不是真正的蓝眼，它们基本会在2月龄前基本全部褪去，不再有蓝膜。
注意：云石色边牧（陨石边牧） M (Merle)：为不完全可控基因，有一个纯云石强势时，边牧的基本色便有可能出现淡化现象，如果两个都是纯云石强势时，淡化就会很强烈。既通常所说的白化现象，出现这种情况时，一般会失聪（耳聋或眼盲）或不育等失常现象，所以请无论如何不要让两只陨石边牧交配。
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