1937年8月13日淞沪会战爆发后，日军随着战局的发展不断增派兵力，于当年10月组建中国方面舰队，主要用以封锁中国沿海，最初下辖第3、第4舰队。
1939年，中国方面舰队重新整编为第1、第2、第3遣华舰队和海南警备府。其中第1遣华舰队主要负责华东海域和长江沿岸作战；第2遣华舰队主要负责华南海域作战；第3遣华舰队主要负责华北海域作战。
停泊在上海江面的日本海军出云号巡洋舰
太平洋战争爆发后，鉴于中国羸弱的海军力量，日军中国方面舰队的兵力不断调往南方，各下辖舰队也不断降格，后期主要以岸上部队为主。
截至日本投降，中国方面舰队还剩6万多官兵和主要舰艇20余艘。
中国方面舰队主要指挥官及直属部队
日本投降仪式上的福田良三（左三）
司令官：福田良三
，海军中将，战后作为日本海军的代表参加了南京受降仪式。
参谋长：左近允尚正
，海军少将，战后被押解至香港接受英国方面的审判，1948年1月被处以绞刑。
上海海军特别陆战队司令官：胜野实
，海军少将。
香港特别根据地队司令官：大熊让
，海军少将。
厦门特别根据地队司令官：原田清一
，海军中将。
第二遣华舰队
下辖第314、第327设营队和炮舰若干。
藤田类太郎到达投降仪式会场
司令官：藤田类太郎
，海军中将，战后在香港向英国海军少将夏慤投降。
参谋长：大熊让（兼）
上海根据地队
司令官：森德治
，海军少将。
舟山警备队司令官：藤野清秀
，海军大佐。
南京警备队司令官：井筒义三
长江根据地队
司令官：泽田虎夫
，海军少将。
九江警备队司令官：龙冈长久
青岛根据地队司令官：金子繁治
，海军中将。
华中飞行司令部司令官：梅崎卯之助
，海军大佐。
海南警备府
司令官：佐贺启次郎
，海军中将，战后在海南向中国第46军军长韩练成投降。
参谋长：千田金二
，海军少将。
第15警备队司令官：吉田喜一
第16警备队司令官：能美实
舞鹤镇守府第1特别陆战队司令官：中川有太郎
横须贺镇守府第4特别陆战队司令官：青山茂雄
佐世保镇守府第8特别陆战队司令官：森本一男
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