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这是什么操作?面对质疑,居然不反驳也不承认结论有误!

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01缘起:日本科学家发现世界上最长的硅-硅键

通常,碳-碳双键由一个σ键和一个π键组成(图1a)。最近,有研究人员提出了 π 单键的概念,即在含碳和杂原子自由基中心只有π 键,而不存在σ 键(图1a)。

形成单 π 键的主要途径是在环状有机分子中合成 1,3 单线态双自由基,即通过在自由基的未配对电子之间形成长程 π 键而形成没有 σ 键的 π 键原子,占据 p 原子轨道。

图1. 化合物2的制备和结构

2020年8月11日,日本群马大学Hideyuki Matsumoto、Soichiro Kyushin和日本东北大学Shintaro Ishida等人报道了一种具有硅-硅 π 单键的闭环化合物-----1,2,2,3,4,4-六叔丁基双环 [1.1.0] 四硅烷(标记为2,图 1b)。X射线晶体学分析表明,产物在桥头硅原子上具有平面几何结构(除桥头间键外的角和为 359.79°)。

同时, X 射线晶体学、电子顺磁共振、磁化率、UV/Vis 和 29Si NMR 光谱的实验结果,以及包括自然键轨道分析在内的理论计算结果表明:2在桥头硅原子之间具有硅-硅π单键,且键长为2.853(1) Å,超过迄今为止报道的最长的硅-硅键。研究成果以“Silicon–silicon π single bond”为题,发表在国际著名期刊《Nature Communications》上。

02波兰科学家小心求证,大胆质疑:所谓的Si-Si π 单键实际上是一个独特的双键

2021年6月29日,波兰科学院有机化学研究所的Cina Foroutan-Nejad助理教授对Kyushin等人的工作提出了质疑,他表示:尽管Matsumoto等人通过经典分子轨道 (CMO) 和自然键轨道 (NBO) 分析证实了两个 sp2 杂化硅原子通过 π单键连接,但基于拓扑学方法的深入分析却给出了不一样的答案。深入分析表明,该键不是单个 π 键,而是一个独特的双键,含有弱σ-键和强 π 键。

质疑一:CMO分析可以证实 σ 键的存在,如图2所示, HOMO-6 代表两个 sp2 杂化硅原子之间的 σ 相互作用。其中,该轨道与 HOMO-1、HOMO-2 和HOMO-3 构成了化合物2硅环的Sigma骨架。

而Kyushin 等人虽然在原文中表明 HOMO-1 是一个反键轨道,可以抑制 HOMO-6 的键合效应。但是,基于 MO 的分析并没有提供键合的定量图或证据。此外,在多原子分子中,键合和反键合 MOs 的作用与简单的双原子不可比,只有定性分析可以解释系统的键合特性。

图2. 化合物2的占据分子轨道,其中HOMO -6 对应于硅环上的 σ 键。

质疑二:电子密度的拓扑及定量分析表明,化合物2的硅原子之间除了存在π键,还存在相对较弱的但不可忽略的 σ-键。而且,在该系统中具有反向的 π 键和 σ 键强度,这是鲜为人知的现象。

Foroutan-Nejad通过对电子密度的拓扑分析确定,两个 sp2 杂化硅原子之间没有键临界点 (BCP)。尽管如此,BCP 的存在与否并不是衡量结合的可靠指标。理想情况下,纯 π 键应该在 π-MO 的节点平面上方和下方具有 2 个 BCP;然而,只有在去除 σ 电子密度时,此特征才可以表现出来。在具有双键的普通分子中,核心和 σ 电子会掩盖了 π 电子密度的信号。

为了直观地寻找潜在的单个 π 键,Foroutan-Nejad研究了化合物2电子密度的导数,即电子密度的拉普拉斯算子∇2ρ(r) 和能量密度。如果∇2ρ(r)值为负,就被认为是共价作用,其理由是共价相互作用的原子间由于共享电子对儿,会造成电子密度在成键区域聚集;如果值为正,就被认为是闭壳层相互作用,比如离子键、氢键、卤键、二氢键、π - π堆积之类,这些相互作用本质是静电或范德华作用,不是靠共享电子对实现的,因此成键区域没有电子密度的聚集。

研究结果表明,电子密度在Si 原子上与其原子 p 轨道相对应的区域集中(图 3a)。从 σ 骨架中去除电子后,此特征变得更加明显,但两个 Si 原子之间的区域具有正拉普拉斯算子,这是非共价相互作用或电荷转移键的特征。

也就是说,HOMO -6,即键合 σ-MO,在 1,3 Si 原子之间具有键合MO 的作用。同时,直接测量1,3 Si 原子之间共价键计算离域指数 (DI)表明,尽管 1,3 个硅原子之间形成了 π 相互作用,但同一对原子之间也存在较弱但不可忽略的 σ 相互作用。

图3. 化合物2的电子密度导数的拓扑分析。

总而言之,Foroutan-Nejad认为:尽管化合物2是一个独特的π 键比 σ 键强的系统,但它仍然是一个双键系统。在他看来,具有反向 π 键和 σ 键强度的系统的合成比纯 π 键的合成更显着,因为后者的例子是已知的,因为前者是鲜为人知的新现象

03开放式回应,没承认失误也没有反驳?期待更多的探讨

对于Foroutan-Nejad的质疑,Kyushin等人做出了一个令人惊讶的回应:在Foroutan-Nejad详实的理论和定量分析面前,他们既没有承认原文结论有问题,也没有拿出令人信服的证据,对质疑加以一一反驳,反而是期待更多类似的探讨。

回应一:我们已经注意到 HOMO-6 和 HOMO-1 分别代表线性排列的两个 σ(Sibridgehead-Ctert-butyl) 轨道之间的同相和异相轨道相互作用,但是没有在原始论文中讨论它们。因为:

1. 桥头硅原子之间由于同相相互作用(HOMO-6)而产生的 σ 型键合相互作用应该会被相应的外-相相互作用(HOMO-1)抵消;

2. 理论研究中没有发现桥头硅原子之间的σ型相互作用(输出阈值> 2.1 kJ mol -1)。

回应二:Foroutan-Nejad 采用了不同的方法来表征 2,并从理论上分析了 2 的电子密度并得出结论,硅-硅 π 键伴随着一个弱但不可忽略的 σ 键。我们欢迎从不同的角度讨论可分离化合物 2 中不寻常的键合情况,以更深入地了解这种化学键。

从上述回应中可以看出,Kyushin等人并没有针对质疑提出反驳或给出相应的证据,特别是Foroutan-Nejad对化合物2的电子密度拓扑的定量分析,反而是一再强调自己已经注意到HOMO-6 和 HOMO-1的相互作用,并不认为原文结论有错误。但是,他们并没有拿出令人信服的证据来反驳Foroutan-Nejad的观点,只是表示欢迎更多类似的探讨以更深入了解这种化学键。

到底孰是孰非,相信各位读者都有自己的判断,我们也期待之后能够有后续的交流和碰撞!

参考文献:

1.Kyushin, S., Kurosaki, Y., Otsuka, K. et al. Silicon–silicon π single bond. Nat Commun 11, 4009 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17815-z

2.Foroutan-Nejad, C. A double bond with weak σ- and strong π-interactions is still a double bond. Nat Commun 12, 4037 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41467-021-24238-x

3. Kyushin, S., Kurosaki, Y., Otsuka, K. et al. Reply to: “A double bond with weak σ- and strong π-interactions is still a double bond”. Nat Commun 12, 4036 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41467-021-24239-w

来源:高分子科学前沿

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