1、流转税
清算期间，企业往往会有存货、固定资产等交易行为，包括直接销售或转让、资产分配两种。对于资产的直接销售和转让行为，企业在清算期间要将其视为正常的货物销售行为，要按照和所得税的纳税要求来及时缴纳税金，对于企业的不动产，纳税应该由购买方承担，该项税额可以进行适当的转移。资产分配，即注销企业资产直接分配个股东或投资者，纳税人资产进行分配的，都应当按照视同销售进行税务处理。
2、所得税
所得税是企业开展日常经营管理工作时必须要缴纳的税种之一，是企业在清算期间结束经营业务之后，对企业自身的剩余财产和债务分配进行清算，并对自己的经济行为进行所得清算、分配企业的股息;根据，企业清算期间所得税处理主要包括：可向股东分配的剩余财产、应付股息;确认债权、清偿债务所得或损失;处理预提、待摊费用;弥补亏损，确认清算所得;全部资产按变现价值或价格，确认资产转让所得及损失等。其中，清算所得的计算为资产处置损益减去清算费用、税金及附加、债务清偿损益、往期亏损及其他所得或支出，即为清算所得。
3、其他税类
其他税类主要包括清算中房屋租赁税、印花税、各种欠税和罚款等。这类税种对企业的经营发展具有重要的作用，企业在清算期间要重视其他类税种对企业清算工作的影响。
（1）房屋租赁税
一般来说，房屋租赁税是公司注册地址的房东向接到每月缴纳的，因此在注销公司的时候要跟房东确定其是否有按时缴纳房屋租赁税，如果没有的话，就需要到地税补交(从租赁起到终止)按照租金的12%缴纳。
（2）印花税
根据相关，公司注销了，即使注册资本没有到位也要补交印花税。在印花税税目中，营业账簿属于账务账簿，是根据财务会计制度设置的，反应企业生产经营活动的账册。
（3）各种欠税和罚款
欠税和罚款没有缴清的话是不能直接注销的。根据《公司法》的，公司注销清算组应主动对企业申报的欠税情况进行全面清查，核实欠税是否属实，对企业欠税在清偿过程中优先清偿，避免税收流失。《企业所得税法》，企业在年度中间终止经营的，应自实际经营终止之日起60日内向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。企业在注销前，清算所得并向税务机关申报缴纳企业所得税。
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