闽浙总督是清朝九大总督之一，乾隆三年（1738年）形成定制，管辖福建，浙江两省的军民政务，当时台湾道隶属福建，也属于闽浙总督的管辖范围，总督府设在福州。按理来说，杭州比福州更为富庶，总督府理应设在杭州更为妥帖，为何会设在福州呢？
我们先来看看闽浙总督的历史沿革，闽浙两省曾经三次分家又三次复合，直到乾隆年间才形成定制。
顺治二年（1645年），清朝在平定江南后设置福建总督，兼辖浙江，首任总督是清初名臣范文程的次子范承谟，总督府设在福州。顺治五年（1648年），郑成功率部袭扰同安，围困泉州，福建总督改名浙闽总督，总督府迁往衢州，以避敌锋芒。顺治十五年（1658年），闽、浙两省各设总督，福建总督驻漳州，浙江总督驻杭州，闽浙两省第一次分而治之，是为了抵御台湾郑氏集团的袭扰。康熙十一年（1672年），福建总督迁驻福州。
清朝行政区划图
康熙十七年（1678年），康熙帝任命姚启圣为福建总督，负责平台事宜。康熙二十二年（1683），水师提督施琅率军收复台湾，裁撤浙江总督，两省合并，统归福建总督管辖，总督府设在福州。
雍正五年（1727年），闽浙两省第二次分而治之，各设福建总督、浙江总督，这是雍正帝的行政特批，为了褒奖浙江巡抚李卫，升任他为浙江总督兼巡抚事。雍正帝不仅对李卫搞过行政特批，河南巡抚田文镜也因政绩卓著而升任河南总督一职。雍正十二年（1734年），李卫调任直隶总督，浙江总督被裁撤，闽浙再度复合。
乾隆元年（1736年），乾隆帝委任亲信嵇曾筠出任浙江总督，闽浙两省第三次分家。浙江是江南最富庶的省份，很容易干出政绩，朝中大臣对此多有反对，认为不应将闽浙两省区别对待。乾隆三年（1738年），两省第三次复合，称闽浙总督，自此形成定制。
嵇曾筠
闽浙总督府设在福州而不设杭州，最主要的原因是为了便于管辖台湾。清朝收复台湾后，设置台湾府，下辖台湾（今台南）、凤山（今高雄左营）、诸罗（今嘉义）三县，归台厦兵备道统辖，隶属于福建省。雍正五年（1727年），从台厦道分出台湾道，道署移至今台南市，台湾道下辖台湾、凤山、诸罗、彰化四县和淡水，澎湖两厅。
从地理上来看，杭州位于闽浙两省北部，总督府如果设在杭州对于统辖两省多有不便。另外，杭州离两江总督驻地南京不远，出于防范封疆大吏互通有无，朝廷也断然不会允许闽浙总督驻杭州。
光绪十一年（1885），为了加强沿海防务，在左宗棠的数次奏请下，清朝正式设立台湾省，任命淮军大将刘铭传为台湾首任巡抚，归属闽浙总督管辖。自此闽浙总督统管福建、浙江、台湾三省军民政务，曾出任过闽浙总督的名人有晚清四大名臣之一的左宗棠及恩人吴棠等。
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