明朝初期，在官制上延袭了元朝制度，设左右丞相总领日常政务。但是在朱元璋看来，做臣子的，一旦手中权力过大，便可能会专权乱政，威胁到皇权统治，权力这东西还是要牢牢地的集中在自己手里才放心。于是，洪武13年，朱元璋以胡惟庸谋反一案为契机，撤销中书省，废除丞相一职。，并下诏以后都不许再设立丞相职。至此，在中国历史上推行上千年的丞相制度彻底消失。皇帝直接统管六部处理国家大小事务，由六部尚书直接向朱元璋奏报，中央集权在此时达到了顶峰。
皇帝一人精力毕竟有限，大量工作根本处理不过来。为了能够保障皇权不外落，又能减轻处理政事压力，朱元璋设立了四辅官制度，从庶民儒士中挑选人员轮流担任辅政官员，协助皇帝处理政务。但是由于效果不佳，洪武十五年便废止了四辅官制度。同年朱元璋又实行殿阁大学士制，从翰林院等机构挑选文臣儒士担任各殿阁大学士，协助皇帝批阅奏章。但是这些人一般都官品较低，不能参与国家政务的决断，加上六部尚书向皇帝奏报也不需通过这些大学士，凡有决策之事还是必须由皇帝亲自处理。殿阁大学士只起到了顾问的作用，却没有秘书般上传下达的办事能力，对推行政令不利，之后也被取消了，皇帝依然缺乏一个像中书省那样有效处理政务的中枢机构，可是朱元璋又不甘于权力下放，不想使皇权受到制约。
此后一直到永乐元年，明成祖朱棣对殿阁大学士制度做了调整，由皇帝本人挑选亲信进入文渊阁参与处理政务，由于文渊阁处于皇宫内廷，便称其为“内阁”，内阁制度从此正式形成。
此时的内阁作用其实也不是很明显，内阁成员主要还是从翰林院挑选出来，官职普遍较低。与朱元璋时期的殿阁大学士制相似，它更像是皇帝身边的一个小的智囊团，并非权力机关，对日常政务处理也只能协助参与并没有决策权，朱棣尊照朱元璋组训，严禁阁臣过多干预政务影响皇帝施政。为此，朱棣在位时期处置了很多深受器重的阁臣，如曾经立下汗马功劳，因直言犯谏被下狱的第一个内阁大臣解缙，还有因同样原因被下狱的黄淮等人。
到了仁宗时期以后，内阁经过长期演变，已经突破朱元璋时对阁臣的限制，内阁的作用开始慢慢变化，不管是从官员身份还是对政务的决策权，都有较大改变，演变成为一个能够制定、决策和实施国家大政方针的中枢机构。
首先在人员安排上，之前内阁成员官职大多为五品六品的低官职人员，由于内阁对政务参与度的逐渐增多和加深，阁臣的官位也越来越高，出现了阁臣加太师太保，或加尚书、侍郎，但仍兼学士、大学士衔的情况，凡是居于那个首位者，称为“首辅”，上朝排班位列六部尚书之上，位挤三孤、权压六卿，可谓位高权重。
明朝内阁“三杨”
其次，内阁的权利也越来越大，早期内阁不参与政务的决策，扮演的是皇帝的顾问角色，与其他部门没有直接隶属关系互不影响，到后来内阁可独立制定和决策政务，传达实施皇帝政令，有了独立的办事机构和官员从属。在张居正担任内阁首辅时，又把六部权力收归内阁，使得阁权凌驾于部权之上。内阁成了一个向上架空皇权，向下操纵百官的实权部门，内阁首辅虽无宰相之名，却有宰相之实。
明朝为加强皇帝中央集权，废除宰相设立内阁并未收到预想效果，反而使内阁权力逐渐扩大，与各方势力互相争斗不断，造成朝局混乱，最终导致帝国大厦的崩塌。
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