首先，中国古代历朝历代都没有破坏前朝皇陵的习惯，除了乱世的一些短命天子，和一些实在荒淫无度的皇帝。保护前朝皇陵，出于以下两点考虑：
【图为明十三陵】
其一，凡事没必要做绝，既然已经夺取了天下便应当显示出天命之子的大度与宽容。一般情况下，新政权的建立者都是以夺取对国家的统治权为目的，在达到目的后，其他的因素，便不那么重要，同时也是为了显示新朝的新气象，塑造仁爱之君的形象，也就自然会对前朝皇陵进行保护，即使不保护，也不至于破坏。（元朝例外，因为一来元朝统治者来自塞外，不遵汉礼，且开化不久；二来则是番僧本人之故）
【图为明太祖陵_明孝陵】
其二，因为中国历朝历代之间的更替，都有一套成熟的解释体系。这一方面解释起来较为复杂，简而言之，各王朝实质上都是顺天命而建立的，且王朝与金木水火土五行对应，存在相克关系。王朝更迭是天的意志的体现，各代天子实质上都是天之子，相互为兄弟。故而，从伦理道德而言，兄弟之间不应当掘墓；从政权合法性而言，必须在承认前朝的基础上才能证明自己政权的合法性，所以自然要对前朝皇陵进行保护。
而清朝保护明朝皇陵，又有另一个重要原因，那就是笼络汉族，尤其是汉族知识分子中的明朝遗老遗少，如顾炎武，黄宗羲等人。
众所周知，清朝作为满族人建立的政权，自其入主中原起，便无时无刻不面临着汉族人民的反抗，而在民众中播下复仇种子的，多是忠于明朝的知识分子。清朝统治者为了缓解民族矛盾，所以借保护明朝皇陵来向汉族知识分子传达友好的信息。康熙皇帝更是多次亲自前往明孝陵，行跪拜大礼。此举效果显著，黄宗羲，顾炎武等人均被此行为所安抚，而清朝的民族矛盾，由此得到一定的缓和。
综上，便是清朝保护明朝皇陵的原因。
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