最初，袁世凯在河南隐居了一段时间，后去了河南安阳。远离中枢的袁世凯表面上赋闲垂钓，实际上他一刻都没有停止对军队的掌控。他每天要抽出两小时接见各类军官与地方官员。不仅如此，北洋军的心腹们来的信件也是源源不断。他们为袁世凯抱不平，认为这样的朝廷不如干脆推翻算了。袁世凯认为此次离京没有被杀已经是万幸了，安抚部下静待时机。
1911年10月10日，武昌起义。湖北革命军首举义旗，没过多久，南方一些省份宣布独立。瞬间，清朝半壁江山易帜。载沣立即任命陆军大臣荫昌统率北洋军镇压革命，可北洋军已经成了袁世凯的私人武装，其他人别人指挥不动。载沣只能让袁世凯出山镇压革命。
1911年10月14日，袁世凯被任命为湖广总督，率领北洋军镇压革命。但此时的袁世凯已经不甘心再当朝廷的狗腿子，他想利用起义军来压服清朝，又想利用清朝来与起义军讨价还价，最终达到渔翁得利的目地。起初，他命令冯国璋担任主将，袁让他一会猛攻，一会停战。此时的冯国璋不理解袁的意思。于是，袁世凯将北洋之虎段祺瑞调到武昌前线，而将冯国璋调任统率禁卫军。袁世凯的这一招棋将清朝最后赖以自卫1.2万禁卫军给笼络了。因为冯国璋曾经给禁卫军中的皇亲国戚当过老师，有一定的人脉关系。此时，武昌前线的段祺瑞与袁世凯幕后政治交易的一唱一和，使清政府与起义军都被迫做出让步。
1912年，中华民国南京临时政府成立，孙中山出任大总统。但西方列强不支持孙中山，他们对革命党施加压力，企图使孙让位于袁世凯。没有军事力量的孙中山被迫妥协，公开承诺：''如果袁世凯可以促成清帝退位，可以选他担任大总统''。
有了孙中山承诺的袁世凯，加紧了逼清帝退位的步伐。他先借满清大臣良弼被炸死的事件制造舆论。使京城里的贵族大臣们因害怕纷纷逃离北京，躲到天津、大连、青岛等地。
此时，清政府召开会议。赵秉钧、梁士诒等奉袁世凯命令，进宫恐吓隆裕太后。又让北洋军将领联名通电表示：''如果清帝再不退位，他们北洋军就要攻入紫禁城，到时候退不退位就由不得皇帝了''。此时，孤儿寡母与大臣都无比的悲愤，但有什么用呢？只能授权袁世凯与南京临时政府商谈退位条件。
袁世凯为大清做的最后一件事是，尽量使清帝退位条件更优厚，使他在心里有所安慰，毕竟大清国对他还是不错的。
1912年2月12日，袁世凯与全体阁员最后一次上朝，向隆裕太后和溥仪行大礼，并颁布退位诏书。当隆裕太后签署退位诏书时，整个养心殿哭声一片，不仅隆裕太后泣不成声，大臣们也声泪俱下。最后，她用御玺盖到诏书上，这表明清帝正式下昭退位，使统治中国268年的清朝宣告结束。
自古就是有了枪杆子才能成大事。事实上，清朝的大部分军队在与八国联军的交战当中就已经损失殆尽了。唯有袁世凯的北洋军保存比较完整，那时他加入了''东南护保''，使山东免遭涂炭，使北洋军躲避了战争。
袁世凯的政治手段也是非常高明的，他知道清朝这颗大树，如果自下而上推翻的话势必会造成天下大乱，只有让清朝统治者自己退位，才能实现和平过渡，不管怎么说，袁世凯推翻清帝的功绩是永远不会被世人遗忘的，那个时代只有他才能实现朝代的和平过渡，只有他才能驾驭民国这么多的强人。
试想一下，一个连让张作霖、阎锡山都害怕的人得多厉害呢？
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