《孤独的幸存者》根据马库斯·鲁特埃勒的同名回忆录改编，2005年他和另外三名“海豹突击队”的同伴负责执行暗杀基地组织领导人的任务。在途中，马库斯等人遇到了三个牧羊人，他们本来是可以杀掉这几个牧羊人的，但是队员们并没有这样做，反而将其释放——尽管这些人有可能去通风报信。没过多久，海豹突击队员就遭到了两百多名塔利班士兵的攻击，三名同伴先后牺牲，只剩下马库斯·鲁特埃勒成为”孤独的生还者”。
2005年6月27日，两架美国陆军第160特种作战航空团MH-47直升机进入阿富汗库纳尔省的山区，其中一架直升机是用于诱敌，另一架直升机上的四名海豹突击队成员以绳降的方式到达地面。这四名队员分别是队长迈克尔·默菲上尉、丹尼·迪茨中士、马修·阿克塞尔森中士和马库斯·鲁特埃勒上士，他们的任务是侦查和监视塔利班领袖艾哈迈德·沙阿。
当队员们抵达监视目标附近的山头时，被三名当地牧羊人发现。由于牧羊人是平民，所以队员们面临两种选择，要么杀死这几名牧羊人，要么释放他们。杀死这些牧羊人会导致马库斯等人不得不面对军事法庭的审判，而释放他们可能会走漏风声，遭到塔利班士兵的围攻，导致行动失败。迈克尔让马库斯做决定，马库斯选择了后者，释放了这些牧羊人，队员们撤退到另外一个监视点。
没过多久，队员们发现自身已经被一群塔利班士兵包围，他们尝试用无线电和卫星电话与基地联系，但是并未取得成功，只好边回击边撤退。在一个山崖上，迈克尔冒着生命危险与基地取得联系，报告自己的位置和遭遇，呼叫支援，而他自己不幸中枪身亡。两架CH-47直升机很快到达战场，尝试营救这几名突击队员，但是CH-47并非武装直升机，缺少强大的火力压制和自卫手段，在没有武装直升机的掩护下，一架CH-47遭到火箭炮的攻击，失去控制而坠毁，造成十六人死亡，另一架被迫撤退。
四名突击队员，其中三人先后死亡，只剩下马库斯幸存下来。第二天，身受重伤的马库斯在一处水塘喝水时，被当地的村民所救，并把他带回村子接受治疗。塔利班士兵一路追踪，抓获了马库斯，对他进行折磨，甚至准备将他斩首，不过被村子的居民阻止。一名村民拿着马库斯的亲笔信，来到一个附近的美军哨所，基地很快派出救援力量，击退塔利班士兵的围攻，将马库斯救出来。
无论在现实中，还是影片中，美军士兵和塔利班都是对立的双方，简直是同水火。孰是孰非暂且不论，但是战争中受到伤害最大的依然是平民。美军为了报复塔利班，对其展开了疯狂的轰炸，造成数百名塔利班士兵的死亡，其中还有数十名平民被误炸身亡。一场战争的性质是否正义，不在于武器的先进，而是人心。美军出兵阿富汗是打着“反恐”的旗号，而塔利班士兵和当地平民认为美军是侵略者，是霸权主义行径。
马库斯事后承认，放走牧羊人的决定让他后悔终身。如果突击队员当时杀死手无寸铁的牧羊人，成功完成任务，就违反国际条约，会被以“谋杀未参战人员”的罪名关进监狱，马库斯和他的同伴也将在忏悔中度过余生。杀也不对，不杀也不对，这真的是一个难以选择的问题。战争开始容易结束难，就像潘多拉的魔瓶一旦被打开，魔鬼就再也难以收服。
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