越来越多的企业开始推行“阿米巴模式”，希望通过这种经营模式激发员工的潜能和动力，实现企业的高绩效和快速发展。然而在推行阿米巴模式时，经常会由于一些基础性工作没有做好，影响了阿米巴的实施效果。
1. 理顺组织权责体系，建立基本的制度流程，保证各项工作有序进行。
有些企业管理基础薄弱，比如组织分工不清，职责交叉或缺失，权责不一致；或缺少规
范的管理制度，流程不顺畅。这些基础性工作没有做好，会导致阿米巴经营者和各个阿米巴之间权责边界不清，工作缺乏流程和标准，对阿米巴营利性和非营利性业务运行都会产生很大的影响。只有权责理顺了，制度健全了，流程顺畅了，阿米巴才能得以高效运行。
2. 加强运营管理，保证计划有序、高效执行。
有的企业运营管理比较混乱，总体运营效率很低。主要问题体现在计划不准确甚至计划缺失，执行力低下，计划按期完成率连50%都不到，生产、物料、品质和费用等数据无法准确统计，一笔笔都是糊涂账，使“阿米巴模式”实施成了无米之炊。在推行阿米巴过程中，需采取措施强化运营管理，加强计划性和执行力，先建立起经营管理上的大数据基础，方能保证阿米巴取得实效。
3. 重视经营人才的选拔和培养，为阿米巴配备合适的带头人。
在科层制条件下，管理者大多是按职责分工负责某方面的工作，各司其职、各尽其责，很少以经营者的思维去全面考虑组织运营和业绩增长。而阿米巴巴长的角色要求和工作内容与之前截然不同，作为自主经营者，不仅要考虑收入，更要考虑成本、费用和最终利润，这对知识、经验、能力、责任心都提出巨大挑战。在推行阿米巴模式时，企业经常会发觉真正具有经营才能的人很少，这时就需要进行人才测评、人才盘点，画出人才地图，选拔有潜质的后备人才，加强业务锻炼和能力培养，使之尽快成长为优秀的经营人才。
某集团在推行阿米巴模式时，选拔的巴长原来在营销、工程、技术等方面都是优秀的人才，当他们作为总负责人独立经营一个项目时，明显感到吃力，导致项目在实施过程中出现不少问题和矛盾。集团认识到问题的严重性，采取了多种措施对“准巴长”进行培养与考察。经过一年多的探索、学习和磨合，多数提拔起来的巴长都具备了经营者的素质，阿米巴的运行也逐步走向正轨。
4. 老板和高管对阿米巴经营者要充分信任、授权，树立利益共享的理念。
推行阿米巴模式，目的是激发员工的潜能和动力，培育一个个自主经营体，共同把事业做大。这要求老板和高管应视员工为事业合伙人，对员工充分信任、放权、让利、赋能。如果老板和高管层本身没有大的格局，只是把阿米巴看做企业最大限度赚取利益的手段，对员工不信任、不授权、不让利，员工就没有足够的权力和动力经营好阿米巴。
5. 做好阿米巴经营哲学的宣贯学习，对阿米巴经营目的达成共识。防止以自主经营的名义，各自为政，造成“诸侯”、割裂组织。
阿米巴并非是分权和割裂，其根本目的是通过划分各个阿米巴自主经营，独立核算，内部交易（协同），提升业绩，实现企业的共同目标，所以，不仅要求各阿米巴把自己经营好，更要求阿米巴之间，尤其是营利性阿米巴（PU）、非营利性阿米巴（NPU）之间彼此配合，形成聚一团火，散是满天星的效果。
某制造企业推行阿米巴经营，建立了多个生产、采购阿米巴，但由于大家没有真正理解阿米巴经营哲学，各阿米巴只关注自身经营数据增长，不从全局考虑，导致库存激增、质量问题增多、客户满意度下降。后来企业意识到了这个问题，通过组织阿米巴经营哲学的学习和讨论，各巴长对阿米巴经营哲学的内在要求达成了一致，各部门目标一致、高效配合、全力协作，企业的整体业绩得到很大提升。
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