眼见自己吃亏了，清军水兵群情激愤，不仅仅是普通的水兵，连总教习琅威理都很不满，他甚至建议向日本开战：“即日行动，置日本海军于不振之地。”如果当时丁汝昌敢见机行事，或者睁一只眼闭一只眼，任由琅威理和水兵们“胡来”，那么刚刚才组建的日本海军会被北洋水师扼杀于摇篮之中。可是丁汝昌却没有下令开火，丧失了把日本海军“扼杀在摇篮中”的机会。李鸿章得知“长崎事件”后很生气，召见了日本驻天津领事波多野（没有结衣），语带威胁地说：“……开启战端，并非难事。我兵船泊于贵国，舰体、枪炮坚不可摧，随时可以投入战斗。”由于当时中法战争刚刚结束，李鸿章不想让大清国又卷入另一场战争，而且不管在谁看来，这次就是一次普通的“械斗事件”而已，没有上升的两国开战的高度，所以最终在英、德公使的调停下，中日双方达成协议，对各自的死伤者互给抚恤，日本赔付中国52500元，中国赔付日本15500元，长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。由于事件最终以双方的妥协而不是清廷的单方面退让收场，所以有人认为这是清廷在鸦片战争之后的第一次外交胜利。但是在日本人看来，外国水兵喝醉了酒来本国滋事，最后竟然要本国赔款（实际上是日方所支付的抚恤金数额大大超出了清廷），是可忍孰不可忍。于是“中国威胁论”成了日本主流民意，“大力发展海军”也成了日本国内的共识，“一定要打败定远”，更作为日本海军的目标和口号。就连日本小孩最流行的游戏，也是分成两组，一组扮成中国舰队，另一组扮成日本舰队，游戏主旨就是围攻定远、镇远。1887年3月14日，日本天皇颁布敕令“立国之急在我海防，一日不可迟缓。”皇室专门拨款30万日圆作为海防捐款，半年之内从首相伊藤博文到各地贵族、富豪、大名，为海防捐款已达200万日圆，日本政府还发行超过了1700万日圆的海军公债。日本提速了1884年制定的海军建设十年计划，经过了8年发展，海军实力实际已经超过了北洋舰队。还有传言说，在这次事件中，一个名叫吴大五郎的日本人窃取了一本清军的小字典（一说是截获了清军的电报）。最终日本破解了中国公使馆的电信密码。由此日本在甲午战争前夕的外交战以及后来《马关条约》谈判期间顺利掌握清廷决策者的意图，从而使其应付清朝得心应手。所以说长崎事件的处理结果是大清国占了上风，可是最终大清国却成为了大输家。
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