明末清初，四川人口出现了剧减的现象。清康熙二十四年，四川全省成年男丁竟不足两万，“合全蜀数千里内之人民， 不及他省一县之众”。
对于明末清初四川人口锐减的原因，清朝官修的 《明史》 和私家野史都归咎于“张献忠屠蜀”。如《明史》说张献忠“性狡谲，嗜杀，一日不杀人，辄悒悒不乐……将卒以杀人多少叙功次，共杀男女六万万有奇”。
而民国以来，渐渐有些学者提出不同看法，认为清军和张献忠都进行了屠杀，共同造成四川人口锐减。如萧一山评论说：“满汉兵丁所杀， 殆不下于献贼……盖扬州十日， 嘉定三屠之事， 到处行之， 而川人真靡有孑遗矣。清人纪载胥以此归之献忠，殆成王败寇之公例， 其实未为然耳”。
建国后至1980年代前，由于“阶级斗争”史观影响，倾向于彻底否认“农民起义英雄”张献忠曾经进行屠杀，或者声称张献忠所杀都是该杀的地主阶级。现在所有否认张献忠屠杀的说法，基本都取材于这一时期的论述。
但从史料看，张献忠在四川进行过大屠杀是无可否认的事实。关于张献忠屠蜀的史料，除了《明史》以外，还有数部私修史书和野史笔记。主要有查继佐 《罪惟录张献忠传》，梅村野史《鹿樵纪闻》，吴伟业《绥寇纪略》，毛奇龄 《后鉴录》，李馥荣《滟滪囊》，刘景伯《蜀龟鉴》，冯甦《见闻随笔》，彭遵泗《蜀碧》，费密《荒书》，欧阳直《蜀警录》，沈荀蔚《蜀难叙略》，傅迪吉《五马先生纪年》以及〔法〕古洛东《圣教入川记》。
如果说其他史料可以归结为是清朝“文字狱”下的捏造，但外国来华传教士的记述也与描述张献忠屠杀的史料高度一致。张献忠是一个亲近天主教的人。意大利耶稣会教士利类思与葡萄牙教士安文思一同在1642年入川，在成都传教。此后张献忠占领成都，建立大西政权，这两人进入大西阵营，备受礼遇。他们留下的记述，后被法国教士翻译为中文出版，为《圣教入川记》，其中记载：“张献忠占据蜀川，虐杀僧道。”“献忠性情残暴，稍有不顺，狂怒随之，或刑或杀，视人命如草芥。”“献忠杀人无算，屡自解云：吾杀若辈，实救若辈于世上诸苦。虽杀之，实爱之也。”“献忠深恶川人。以为汉中及各处之败，皆由川人使之，故杀川人十四万之多。拟将川省变为旷野，无人居住。”“驱百姓到南门就刑。时利司铎在南门上，安司铎在东门上，见无辜百姓男女被杀，呼号之声，惨绝心目，血流成渠，心如刀割。”“探知人民避迹山洞岩穴者，皆擒而杀之。”
但是，“张献忠屠蜀”无疑远远不是四川人口锐减的唯一原因。清朝夸大张献忠屠杀的程度和范围的动机是强烈的，对于张献忠屠杀的规模，大部分史籍都有夸张，将清军对四川民众的屠杀也嫁祸于张献忠。《明史》所记载的张献忠屠杀“男女六万万有奇”的明显夸大数字，只是一例。清朝通过宣称 “明亡于流贼”，进而巧妙地将其对四川的征讨说成是 “为明复仇”，掩饰了自身的屠杀行为。
从时间上看，张献忠并不是一开始就在四川屠杀，前期他实行过一系列稳定民心和恢复政治、经济秩序的措施，但在他占据四川的后期，由于明军余部的反攻和清军进逼，张献忠自认已经无法控制四川，打算放弃四川，产生了自暴自弃和对四川人的仇恨心理，从而开始了大屠杀。从张献忠施行屠蜀政策到其被杀，仅半年多时间。这半年多时间里， 张献忠不可能屠尽川民。
从空间上看， 在大部分时间内尤其是后期， 张献忠并没有控制整个四川地区，其主要活动范围是川西和川北一带， 川南、川东主要为南明军队和摇黄军地方武装控制。张献忠对川民的屠杀主要集中在成都为中心的川西地区。
因此，张献忠不可能造成整个四川人口的普遍锐减。总体来看，造成明末清初四川人口剧减的原因是长期战乱。最初，早在张献忠入川以前，四川已经发生过多次土司叛乱，动荡不安，人口减少。 张献忠后期屠杀之后，明军及反清地方武装和满清又在四川相持交战十余年，其间清军的反复屠戮，遍及全川，这是造成全川人口普遍锐减的原因。
到清朝康熙二十四年，张献忠已经死去几十年，四川人口依然非常稀少，这是无法归咎于张献忠的。实际上，清军的屠杀绝非仅限于在四川，人口的剧减也非仅有四川一省。清军所到之处，都是烧杀抢掠。四川由于是南明长期对峙满清的前线，其人口减少程度最高不足为怪。
所以张献忠屠杀是真实存在的，并且是规模巨大和非常残暴的。但是，之后清军的屠杀，才是四川人口减少如此严重的主因。
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