其二，缺乏具有现代知识和现代战争素养的合格军官。无法培养符合现代战争要求的合格军官始终是晚清军事教育最大的不足之处，而在清军之中，相对于低级军官，合格的中、高级指挥官的缺乏更为严重。鲍威尔认为，“中国军队在1900年，像在1894～1895年时一样，最大的弱点是缺乏够格的官佐。”虽然在甲午战争之后，清政府为训练新式军队倾注了极大的精力，引进大批新式武器装备，并在基层士兵的训练上取得了一些成效，但在合格的高级军官的培养使用上进展甚微。各式军事学堂培养出的基层士官仍然为数极少，并且无法染指军队的指挥权，权力仍然牢牢地把握在旧军官的手中。“官佐队伍的主要缺点，是对基本的战略战术缺乏知识。再者，即使个别人具有某些理论知识，他们也缺乏指挥大军配合使用各种兵种的经验。”袁世凯在战后也认为:“各营将弁，其朴城勇敢者尚不乏人，然气质半属粗豪，文理亦多暗昧，其于军谋战略，平时既少研究，一旦临戎，往往张皇失措。”这种致命的缺陷使清军在武器装备和基层士兵训练上所取得的有限进展化为乌有。虽然清军在局部的战斗中依靠普通士兵的勇敢取得了一些战果，但仍然难逃战争失败的厄运。在战争中，清军整体作战方法保守落后，主要采取分兵把守、单纯防御的消极方针，在大沽、天津、北京各次防御作战中，都被敌人正面攻击与侧翼包围而一举攻破，这些情况表明清军缺乏能够把握战役全局的将帅之才。鲍威尔也再次论述了合格军官的重要作用，他说道:“即使在装备很好的时候，中国人一般都宁愿保持守势。他们的侧翼以及后方只要一受威胁，他们总是立刻撤退。这种缺点似乎是由战斗训练不够和领导不佳产生的，而并非是由于勇气不足；如果他们的军佐作出榜样，那么兵士一定会战斗到死。”此外，清军军官对于随着炮火的射速、射程和杀伤威力的提高而引起的作战方式的发展变化缺乏认识，他们仍采取保守过时的战术，特别是在守城方法上，基本沿用冷兵器时代的一套，因而尽管清军兵力居于优势，但得不到有效的指挥协同，仍不免于失败。
第三，清军后勤紊乱，机动性差。清军的整编训练均由各督抚、将领们自行办理，中央并无统一的规划，在武器装备上极为混乱。早在甲午战争中，一位美国海军少将在旅顺战役中，就目睹“一位战死的中国士兵手握一支前装滑膛枪，而他的子弹盒却装满了金属子弹”。而这种状况在战后仍未得到根本改变。1898年秋，英国海军少将贝思福访问视察了清廷军队，“贝思福在士兵行列中数到14种不同类型的枪，其型式之繁杂，几乎是从连发的温彻斯特枪和毛瑟枪直到前膛装子弹的抬枪”。这种庞杂的军械配备在战争中无疑是给后勤补给的噩梦，同时也制约了清军的机动能力。清朝的各种军队号称有百万之众，而其中较有战斗力的练军、防军和新军的总数约为36万人。但据伦敦《泰晤士报》报道，清朝能集中到北京前线的军队却只有14万人，而其中已在直隶的清军就已达11万人。因此，“1900年，正如1894～1895年那样，并不是中国被外国敌人打败了，实质上，再一次被外敌打败的乃是京师所在的直隶部队”。
第四，清军的训练水平仍然落后。首先，在训练内容上徒具形式，不切实战。一个外国军官认为清军根本没有彻底地操练，他辛辣地讽刺道:“至操练的方式，与其说是训练一支军队，毋宁说是在发展运动员的肌肉。”袁世凯也认为:“中国兵制，徒守湘淮成规，间有改习洋操，大抵袭其皮毛，未能得其奥妙。”其次，清军缺乏协调作战的演习，“中国不举行正式的军事演习”。
种种情况表明，清军距离一支合格的近代军队的标准还有很大的差距。这些军队虽然大多采用了西方的武器装备，并用西式操典训练，但仍然只是徒具形式。对于近代军事的真正内涵，无论是指导改革的规划者还是普通的士兵都所知甚少，而高级军官尤甚。在军队体制改革上的滞后严重制约了军队战斗力的发挥。长久存在于清军中的弊端也仍然存在。1899年，在中国军队中当过多年教习的瑞辛格少校就对中国军队作出了一写列的批评，他指出:“中国的军队领导弱，号令不统一、武器不划一、缺乏有效率的后方勤务系统、物资保管马虎……除了这些不健全之处以外，还要加上已令人不满的贪污、徇私、吃空额和饷银过薄。”这些弊端并不是无人指出，然而，清政府长期以来所采取的中体西用、只重器物、不重制度的改革方式使这些问题迟迟无法解决。装备新式武器，排出整齐的队列并不代表就已经成为现代军队。在庚子国难后，遭到沉重打击和羞辱的清政府终于认识到:“零星的军事改革，决不能使中国强大到足以承担一个十分艰巨任务的地步”。中国的军事改革，逐渐开始走上了真正的现代化道路。
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