二、孙中山制定“中华革命党”党章，黄兴表示反对。黄兴由日赴美
孙中山一到日本，即开始筹划重建新政党，至1914年春天，筹备工作基本就绪。为了纯洁党的队伍，孙中山亲自制定了党的章程。定名为中华革命党，以实行民权主义、民生主义为宗旨。以“扫除专制政治、建立完全民国”为目的。党章规定：在将来革命政府成立到宪法颁布前的整个革命时期，全部国家权力都归中华革命党党员所有，一切非党员都没有公民资格。党员按入党时间的先后，分为三等，在革命时期内各享有不同的政治权利：凡在“三次革命”爆发前入党的，称“首义党员”，在革命时期入党的，称“元勋公民”，均享有一切参政、执政的优先权；凡在“三次革命”爆发后，革命政府成立前入党的，称“协助党员”，在革命时期内为“有功公民”，享有选举权和被选举权，凡在革命政府成立后入党的，称“普通党员”，在革命时期内称“先进公民”，只享有选举权而无被选举权。
党章还规定，党员入党，必须立下“愿牺牲——己之生命、自由、权利，附从孙先生再举革命”的誓约，并要按上指模，表示“永守此约，至死不渝，如有二心，甘受极刑”。
孙中山拟出党章草稿时，曾分送一份给黄兴参看。黄兴认为，将党员分成等级，许以不同的利益，是“以权利相号召”，与袁世凯以金钱、地位诱人的做法相差无几，已失去革命本旨。至于立誓约、按指模，更是培养个人专制、侮辱党员人格。黄兴建议孙中山修改党章，不要因噎废食，使党分化。
孙中山同意修改党章。但陈其美、戴季陶等表示坚决拥护中华革命党党章，并四出拉人入党，谁对党章表示有意见，就攻击谁，甚至对黄兴也进行了人身攻击。陈其美的言行激起了许多国民党人的反感，他们都拒绝入党。于是胡汉民提出折衷办法，将誓约中“附从孙先生”改成“附从总理”，老同盟会员入党可免除立誓约、打指模等手续，想以此缩小党内的分歧，争取黄兴等人入党。这个方案，由于孙中山反对而作罢。
陈其美等的挑拨离间，助长了孙黄关系的进一步分化。1914年5月29日，孙中山致函黄兴，历数对黄兴的不满，谅解黄不入党(中华革命党)，但要求黄兴配合，让他当真党魁，不要加以干扰。原函如下：
宋案发生之后，彼此主张已极端冲突；第二次第二次、第三次分别指“二次革命”、“三次革命”。失败后，兄仍不能见及弟所主张是合，兄所主张是错。何以言之?若兄当日能听弟言，宋案发表之日，立即动兵，则海军也，上海制造(局)也，上海也，九江也，犹未落袁氏之手。况此时动兵，大借款必无成功，则袁氏断不能收买议员，收买军队，收买报馆以推翻舆论。此时之机，吾党有百胜之道，而兄见不及此。及借款
已成，大事(势)已去，四都督已革，弟始运动第八师营长，欲冒险一发，以求一死所，又为兄所阻，不成。此等情节，则弟所不满于兄之处也。及今图第三次，弟欲负完全责任，愿附从者，必当纯然听弟之号令。今兄主张仍与弟不同，则不入会者宜也。此弟所以敬佩而满足者也。弟有所求于兄者，则望兄让我干此第三次之事，限以二年为期，过此犹不成，兄可继续出而任事，弟当让兄独办。如弟幸而成功，则请兄出而任政治之事。此时弟决意一到战场，以遂生平之志，以试生平之学。今在筹备之中。有一极要之事求兄解决者，则望禁止兄之亲信部下，对于外人，自后绝勿再言“中国军界俱是听黄先生之令，从无听孙文之令者，孙文所率者不过一班无知少年及无饭食之亡命者耳”!
弟所望党人者，今后若仍承认弟为党魁者，必当完全服从党魁之命令。因第二次之失败，全在不听我之号令耳。所以，今后弟欲为真党魁，不欲为假党魁，庶几事权统一，中国尚有救药也。
黄兴复函孙中山，表示癸丑年南京失守，自己应负责任，但孙的其他一些指责，则认为与当时事实不符，对此有所辩解。接着陈述了自己对中华革命党的看法，表达了整顿国民党的意见。最后申明决不妨碍孙中山的计划。原函如下：
接读复示，因来客众多，未即裁答，殊为歉念。今请露肝胆披心腹为先生最后一言之。宋案发生以来，弟即主以其人之道，还制其人之身指以暗杀对付暗杀。先生由日归来，极为反对。即以用兵论，忆最初弟与先生曾分电湘粤两都督，要求其同意，当得其复电，皆反复陈其不可。今当事者俱在，可复询及之也。后以激于感情，赣省先发，南京第八师为先生运动营长数人，势将破坏。先生欲赴南京之夕，来弟处相谈，弟即止先生不行。其实第八师两旅长非绝对不可，不过以上海难得，致受首尾攻击之故。且先生轻身陷阵，若八师先自相战斗，胜负尚不可知，不如保全全城之得计。故弟愿以身代先生赴南京，实重爱先生，欲留先生以任大事，此当时之实在情形也。此段词意模糊，须参看本章下文。南京事败，弟负责任，万恶所归，亦所甘受，先生之责，固所宜然。但弟自抵日以来，外察国势，内顾党情，鉴失败之主因，思方来之艰巨，以为此次乃正义为金钱权力一时所摧毁，非真正之失败。试翻中外之历史，推天演之公例，未有正义不伸者，是最后之胜利，终归之吾党。今吾党既握有此胜算，若从根本上做去，本吾党素来所抱之主义发挥而光大之，不为小暴动以求急功，不作不近情言以骇流俗，披心剖腹，将前之所是者是之，非者非之，尽披露于国民之前，庶吾党之信用渐次可以恢复。又宜宽宏其量，受壤纳流，使异党之有爱国心者有所归向。夫然后合吾党坚毅不拔之士，学识优秀之才，历百变而不渝者，组织干部，计划久远，分道进行，事有不统一者未之有也。若徒以人为治，慕袁氏之所为，窃恐功未成而人已攻其后，况更以权利相号召者乎。数月来，弟之不能赞成先生者以此。今先生于弟之不入会以满足许我，虽对于前途为不幸，而于弟个人为幸已多，当不胜感激者也。惟先生欲弟让先生为第三次之革命，以二年为期，如过期不成，即让弟独办，等语。弟窃思以后革命，原求政治之改良，此乃个人之天职，非为一公司之权利可相让度可能包办者比，以后请先生勿以此相要。弟如有机会，当尽我责任为之，可断言与先生之进行决无妨碍。
6月3日，孙中山复函黄兴，仍坚持自己的主张，希望黄“静养两年”，并与黄相约今后只论私交，不谈公事。原函如下：
长函诵悉，甚感盛情。然弟终以为欲建设一完善民国，非有弟之志，非行弟之法不可。兄所见既异，不肯附从，以再图第三次之革命，则弟甚望兄能静养两年，俾弟一试吾法。若兄分途并进，以行暗杀，则殊碍吾事也。盖吾甚利袁之生而扑之，如兄计画(划)成功，袁死于旦夕，则吾之计画必坏。果尔，则弟从此亦不再闻国事矣。是兄不肯让弟以二年之时间，则弟只有于兄计画(划)成功之日，让兄而已。此复。又，此后彼此可不谈公事，但私交上兄实为我良友，切勿以公事不投而间之也。幸甚。见《黄兴集》。
7月22日，中华革命党在东京召开第一次大会，到会代表仅8省，孙中山当选为总理。黄兴因自己一心护党，反受毁伤，很觉灰心，此时如再留在东京，恐同志间误会更多，遂决定离开日本。6月27日，他在寓所宴请孙中山话别，席间“未谈国事”。孙中山集成语赠以一联：“安危他日终须仗，甘苦来时再共尝”。从孙黄分手的情况看来，两人均有依依惜别，黯然神伤之感。
6月30日，黄兴由李书城、石陶钧陪同，乘船前往美国。
7月8日，中华革命党在东京筑地精养轩正式成立。孙中山宣誓就职，以陈其美为总务部长，居正为党务部长，张静江、廖仲恺为财政部正副部长，许崇智、邓铿为军务部正副部长，胡汉民、杨庶堪为政治部正副部长。孙中山在总理之下特设协理一席以待黄兴。不过黄兴直到逝世前始终没有入党，而终中华革命党之世，协理的位置也一直空着，没有另推人担任。
孙中山下令原国民党的国内外支部、分部、交通部，一律改组为中华革命党，党员一律按规定手续重新入党，并作了海外支部负责筹款、国内支部从事武力讨袁的分工。不久又任命了一批各省支部长，如广东夏重民，江西刘士毅，吉林陈楷，湖南陈家鼐(后改覃振)等。
中华革命党自诞生之日起，就一直处于困难的境地，国内外支部的改组工作，进展得均不顺利，筹款工作也收效不大。后来虽然黄派的覃振离开“欧事研究会”加入了中华革命党，原先因反对立誓约、按指模而拒绝入党的朱执信也改变态度宣誓入党，但中华革命党仍无多大起色
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