第二集名为“蝴蝶效应”。Claire的超能力似乎产生了变化，她不再感觉到疼痛。她选择了再次尝试自己超能力作用，她用录影带记录下自己撞火车的全过程，然后Peter在关键时候救了她。
Nathan和Peter的母亲Angela做了一个恐怖的梦，几乎所有善良一方的英雄都死于非命。她警告Peter不要破坏时间线，即改变未来。而Peter却执意要拯救身边的亲人。
Bob（电女Elle的爸爸）的两个手下被Sylar杀死，当他决定加派人手追杀Sylar时，反被Sylar杀害，原来Bob的能力是让金属的物质发生质变，变成稀有的黄金。Elle气急败坏的来到了传说中关押了很多超能力者的“Level 5”监狱，而Sylar却跟踪她到此，本想杀死Elle获得闪电能力的他，却反而被万伏电压击晕。有几个Level 5的几个犯人趁乱逃走，
Hiro派出了私家侦探查出了瞬间移动女的下落，而目睹了未来Ando杀死自己的那一幕，他对Ando依然心存芥蒂。他拿走了移动女最宝贝的一块奖章，想要等价交换自己的分子式，但是狡猾的她却没有遵守承诺，再次带着分子式逃脱。
Niki的第三种人格出现，这次她的名字叫Tracy，她为一个州长工作。并且建议Nathan出任空缺的议员职位。她对自己曾经拥有过的人格完全没有记忆，一个八卦记者找到了她之前与Nathan春宵一夜的录像，想要借此威胁，却被盛怒之下的她杀死。Tracy的超能力似乎是将人瞬间冻结，然后裂成碎片。
胖警察Matt在沙漠中走得精疲力竭，在朦胧中被一只海龟救下，然后遇到了一个脖子上缠着毒蛇的非洲人，非洲人问了他一个问题：你认识小甜甜布兰妮吗？无论布兰妮有多少负面新闻，但她的公众影响力无疑是巨大的。
Bennet先生趁乱逃回了家，他告诉Claire从Level 5逃出的五个大恶人的危害性，并且请出了Claire的亲生母亲来保护他们全家的安全。五大恶人中有一名叫做Jesse的，其实是Peter的另外一个身份隐藏在了他的体内。其他四大恶人出逃后恶性不改，烧杀抢掠残忍无比。
在第二集的末尾，Angela透露了一个大秘密，原来Sylar也是她的儿子……（太混乱了）
综述，新季依然很精彩，编剧总是很善于设置悬念从而将观众的情绪调动起来，原本以为可以解密一些疑团，但没想到却留下了更多的谜团。正如主题名为“恶人”一样，涌现出了更多的恶人，而之前在剧中多次埋下的伏笔的神秘符号，本次2小时首播中再次出现。Suresh博士研制出可以使普通人拥有超能力的能量血清，虽然有着极大的副作用，但是却让剧情可以变得更加有戏剧性。片尾设置的Angela与Sylar是否母子关系的悬念，留待以后揭晓……
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