国自然放榜，大家都在扎堆做乳酸/乳酰化修饰？这份“避坑指南”请收好……

来源：市场资讯

（来源：小张聊科研小张聊科研）

最近国自然放榜后发现一个有意思的现象：居然有这么多的本子是做乳酸、乳酰化修饰的。恍惚之间好像回到了2018年大家一窝蜂的做miRNA、lncRNA的时候。

下面就说一下乳酸/乳酸化研究的一个最常用的研究思路、及专家质疑的常见问题。

一、最常用的研究思路模式

这个模式的基础框架是：A通过糖酵解诱导乳酸增加，进而通过组蛋白乳酸化修饰调控某个细胞表型和疾病进展。

这个思路的常见逻辑是：A调控糖酵解导致乳酸增加，进而通过H3K9la（或者H3K18la）调控靶基因B的转录活性，进而诱导细胞表型C并促进D疾病。

当然，这个思路也有很多变体，比如：

1）A不一定通过糖酵解途径调控乳酸，也可能调控乳酸穿梭等调控细胞内外乳酸浓度；

2）乳酸增加不一定通过组蛋白乳酸化修饰，也可能调控非组蛋白修饰，比如直接调控转录因子、激酶等的活性；

3）稍微高端一些，会把蛋白的乳酸化修饰与其它修饰结合起来，比如B蛋白的乳酸化修饰影响磷酸化、泛素化修饰等；

或者B蛋白的乳酸化影响其与C蛋白之间的相互作用、或者二聚体/多聚体的形成、蛋白的转运定位等；

4）当然也有的做AARS等乳酸转移酶对靶基因/蛋白的定点修饰；

5）乳酸化修饰影响的靶基因区域不同：不一定是启动子，也可能是增强子等；

二、关于“创新性”的评价

再比如乳酸本身作为信号分子直接影响蛋白的活性，即不以修饰依赖的方式发挥作用等等，除此之外还有很多模式。

从正面的创新性来说，如果做组蛋白，一般会强调“代谢-表观”调控轴；如果不做组蛋白则把组蛋白非依赖作为创新点；如果不是启动子可以强调其它的非经典调控元件；如果是代谢酶也可以强调兼职作用等等……

大家根据自己的认知对上面的思路创新性评价差异很大，但这些模式很容易总结出来、也有很多人在用。

三、通常被评审专家质疑的问题

下面列一些被专家质疑的、比较常见的问题：

1）科学假说链条太长：工作量超出项目资助范围、需进一步凝练关键科学问题等……

2）科学假说和研究内容的严谨性：做了组蛋白，考虑了非组蛋白吗？做了非组蛋白修饰，考虑了乳酸直接作为信号分子发挥作用吗？做了具体的蛋白修饰、关键位点突变做了吗？等等……

3）乳酸的来源与去处：这个几乎是必问的：“A调控糖酵解导致乳酸增加”，那么增加的乳酸是来源于A的直接转录/磷酸化调控，还是仅仅因为细胞死了/线粒体受损导致的代谢废物堆积？更有甚者，加了外源乳酸钠和直接内源上调糖酵解产生的乳酸，在细胞内定位和微环境pH上完全不是一回事，专家会质疑外源补救实验的生理相关性。

4）“因果关系”难以建立：乳酸化修饰是个“结果”，但到底它是导致表型的原因，还是表型变化过程中的伴随现象？专家常质问：你做了敲除/回补实验，但抢救回来的是乳酸化本身，还是乳酸代谢带来的ATP/NADH扰动？如果不做“位点特异性突变”+“仅回补该位点突变体”的严格抢救实验，很难说清是修饰在干活，还是代谢流在干活。

5）“组蛋白非依赖”作为创新点，反而容易被质疑：很多人为了避开组蛋白的套路，把“非组蛋白乳酸化”作为亮点。但专家会反问：你做的这个非组蛋白，它的乳酸化丰度占总乳酸化库的比例是多少？如果占比极低，它的生物学意义有多大？有没有先看看总乳酸化水平的变化趋势是否与表型一致？如果总乳酸化都不变，单抓一个低丰度位点，很容易被认为是夸大数据重要性

6）蛋白修饰交叉调控的“开放性结局”问题：当你把乳酸化和磷酸化、泛素化串起来时，专家会质疑：你怎么确定B蛋白的乳酸化修饰不是通过改变其蛋白稳定性/定位，间接影响磷酸化，而非直接“对话”？如果不做体外重构实验（如体外乳酸化+磷酸化激酶反应），很难排除间接效应。

7）体内外乳酸浓度差异：肿瘤或疾病微环境中的乳酸浓度是动态、异质的，而体外实验常用固定浓度乳酸钠处理。专家会直接问：你用的浓度在体内真实微环境中能达到吗？不同细胞类型对乳酸的摄取和利用效率差异巨大，你的结论在体内是否具有普适性？

8）表型与修饰时间的“错位”陷阱：很多实验在乳酸处理后24-48小时才检测表型，而乳酸化修饰在刺激后几分钟到几小时内就快速动态变化。专家会质疑：你的表型到底是乳酸化的直接早期效应，还是后期代谢重编程或细胞应激的代偿结果？缺少时间梯度动态曲线，会让整个机制链在时间轴上立不住。

9）“乳酸化”与“酸化”效应的混淆：这是老生常谈但极易忽视的问题。增加乳酸必然伴随细胞内pH下降。专家常问：你观察到的效应，到底是赖氨酸乳酸化这个修饰本身带来的，还是胞内pH降低导致的全局性蛋白构象变化或酶活性抑制？有没有用其他pH缓冲体系或非代谢性pH对照来排除酸化效应？

10）临床相关性与转化潜力的“断层”：最后，即便机制链条完整，专家也会追问：你的A分子在临床样本中与乳酸化水平的相关性如何？有没有在更贴近临床的模型（如PDX、类器官、原位瘤模型）中验证？如果只是常规皮下荷瘤，再花哨的修饰机制，在评委眼里也只是一个“体外故事”。

最后，现在的评审专家已经被“乳酸化”本子轰炸到审美疲劳了。如果你的逻辑链条还在“A上调糖酵解—乳酸增多—组蛋白乳酸化—转录激活—表型”这个经典框架里，那上述10条质疑大概率会命中2-3条。

所以要么在“位点特异性”上做到极致，要么在“非经典功能”上打出差异化，同时别忘了把pH对照、时间梯度、体内浓度换算这些关键问题提前做扎实，否则很容易被评委以“创新性不足、机制验证深度不够”为由毙掉。